windex.h

   1 //uchime by Robert C. Edgar http://drive5.com/uchime This code is donated to the public domain.\r
   2 \r
   3 #ifndef windex_h\r
   4 #define windex_h\r
   5 \r
   6 class SFasta;\r
   7 struct SeqDB;\r
   8 \r
   9 typedef uint32 word_t;\r
  10 typedef uint16 wordcount_t;\r
  11 typedef uint32 arrsize_t;\r
  12 typedef uint16 seqcountperword_t;\r
  13 typedef uint32 seqindex_t;\r
  14 typedef uint16 commonwordcount_t;\r
  15 \r
  16 const uint32 WindexFileHdr_Magic1 = 0x312DE41;\r
  17 const uint32 WindexFileHdr_Magic2 = 0x312DE42;\r
  18 const uint32 WindexFileHdr_Magic3 = 0x312DE43;\r
  19 const uint32 WindexFileHdr_Magic4 = 0x312DE44;\r
  20 \r
  21 struct WindexFileHdr\r
  22         {\r
  23         uint32 Magic1;\r
  24         uint32 IsNucleo;\r
  25         uint32 WordLength;\r
  26         uint32 Magic2;\r
  27         };\r
  28 \r
  29 class Windex\r
  30         {\r
  31 public:\r
  32         bool m_Nucleo;\r
  33         bool m_RedAlpha;\r
  34         unsigned m_WordLength;\r
  35         unsigned m_AlphaSize;\r
  36         unsigned m_WordCount;\r
  37         unsigned m_Hi;\r
  38         unsigned m_CapacityInc;\r
  39         arrsize_t *m_Capacities;\r
  40         arrsize_t *m_Sizes;\r
  41         float *m_WordScores;\r
  42         seqindex_t **m_SeedIndexes;\r
  43         byte *m_UniqueCounts;\r
  44         unsigned m_CharToLetter[256];\r
  45 \r
  46 public:\r
  47         Windex();\r
  48         void ToFile(const string &FileName) const;\r
  49         void FromFile(const string &FileName);\r
  50         void FromSFasta(SFasta &SF);\r
  51         void FromSeqDB(const SeqDB &DB);\r
  52         void Clear(bool ctor = false);\r
  53         void AddWords(unsigned SeqIndex, const word_t *Words, unsigned N);\r
  54         void Init(bool Nucleo, unsigned WordLength);\r
  55         void Init2(bool Nucleo, unsigned TableSize);\r
  56         void InitRed(unsigned WordLength);\r
  57         void InitWordScores(const float *const *SubstMx);\r
  58         void Reset();\r
  59         void LogMe() const;\r
  60         unsigned LogMemSize() const;\r
  61         void LogWordStats(unsigned TopWords = 10) const;\r
  62         const char *WordToStr(word_t Word) const;\r
  63         word_t SeqToWord(const byte *Seq) const;\r
  64         unsigned SeqToWords(const byte *Seq, unsigned L, word_t *Words) const;\r
  65         unsigned SeqToWordsStep(unsigned Step, const byte *Seq, unsigned L, word_t *Words) const;\r
  66         unsigned WordsToCounts(const word_t *Words, unsigned N,\r
  67           word_t *UniqueWords, seqcountperword_t *Counts) const;\r
  68         unsigned GetUniqueWords(const word_t *Words, unsigned N,\r
  69           word_t *UniqueWords) const;\r
  70         void LogSizeHisto() const;\r
  71         };\r
  72 \r
  73 #endif // windex_h\r