validparameter.h

   1 #ifndef VALIDPARAMETERS_H
   2 #define VALIDPARAMETERS_H
   3
   4 /*
   5  *  validparameter.h
   6  *  Dotur
   7  *
   8  *  Created by Sarah Westcott on 1/5/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12 using namespace std;
  13
  14 #include "mothur.h"
  15
  16 //This class contains a list of all valid parameters in Mothur.
  17 //It has a function which will tell you if your parameter is valid.
  18 //When adding a new parameter you must add it to the valid list in the class constructor.
  19
  20
  21 class ValidParameters {
  22
  23         public:
  24                 ValidParameters();
  25                 ~ValidParameters();
  26                 bool isValidParameter(string);
  27                 bool isValidParameter(string, string, string);
  28                 vector <string> addParameters(string[], int);
  29                 void initCommandParameters();
  30                 void initParameterRanges();
  31
  32         private:
  33                 map<string, string> readdist;
  34                 map<string, string> readotu;
  35                 map<string, string> readtree;
  36                 map<string, string> cluster;
  37                 map<string, string> deconvolute;
  38                 map<string, string> parsimony;
  39                 map<string, string> collectsingle;
  40                 map<string, string> collectshared;
  41                 map<string, string> rarefactsingle;
  42                 map<string, string> rarefactshared;
  43                 map<string, string> summarysingle;
  44                 map<string, string> summaryshared;
  45                 map<string, string> unifracweighted;
  46                 map<string, string> unifracunweighted;
  47                 map<string, string> libshuff;
  48                 map<string, string> heatmap;
  49
  50                 map<string, string>::iterator it;
  51                 map<string, vector<string> > commandParameters;
  52                 map<string, vector<string> > parameterRanges;
  53
  54 };
  55
  56 #endif