uc.h

   1 //uchime by Robert C. Edgar http://drive5.com/uchime This code is donated to the public domain.\r
   2 \r
   3 #ifndef uc_h\r
   4 #define uc_h\r
   5 \r
   6 #include "seqdb.h"\r
   7 #include "seq.h"\r
   8 #include "path.h"\r
   9 \r
  10 struct AlnData;\r
  11 \r
  12 int uchime_main(int, char**);  \r
  13 \r
  14 class UCFile\r
  15         {\r
  16 public:\r
  17         FILE *m_File;\r
  18         byte *m_Data;\r
  19         vector<char> m_RecTypes;\r
  20         vector<float> m_PctIds;\r
  21         vector<const char *> m_Labels;\r
  22         vector<const char *> m_SeedLabels;\r
  23         vector<unsigned> m_SeedIndexes;\r
  24         vector<const char *> m_CompressedPaths;\r
  25         vector<unsigned> m_SeqLengths;\r
  26         vector<unsigned> m_SortOrder;\r
  27         vector<char> m_Strands;\r
  28         vector<unsigned> m_Los;\r
  29         vector<unsigned> m_SeedLos;\r
  30 \r
  31 public:\r
  32         /* some function prototypes */\r
  33         \r
  34                 \r
  35         UCFile();\r
  36         void Clear(bool ctor = false);\r
  37         void Close();\r
  38         void FromFile(const string &FileName);\r
  39         void FromClstr(const string &FileName);\r
  40         void ToFile(const string &FileName);\r
  41         unsigned GetRecordCount() const;\r
  42         void LogMe() const;\r
  43         void ToClstr(const string &FileName);\r
  44         void ToFasta(const string &FileName, const SeqDB &Input, bool Reformat);\r
  45         void Create(const string &FileName);\r
  46         void Sort();\r
  47         void Flush() const;\r
  48 \r
  49         void WriteNotMatched(unsigned L, const char *Label) const;\r
  50         void WriteLibSeed(unsigned SeedIndex, unsigned L, const char *Label) const;\r
  51         void WriteNewSeed(unsigned SeedIndex, unsigned L, const char *Label) const;\r
  52         void WriteHit(const SeqData &SA, const SeqData &SB, double FractId,\r
  53           const PathData &PD) const;\r
  54         void WriteReject(const SeqData &SA, const SeqData &SB, double FractId,\r
  55           const char *Path) const;\r
  56         void WriteHit(unsigned SeedIndex, unsigned L, double PctId,\r
  57           const char *CompressedPath, char Strand, unsigned Lo, unsigned SeedLo,\r
  58           const char *Label, const char *SeedLabel) const;\r
  59         void WriteHit(const AlnData &AD);\r
  60         void WriteLibCluster(unsigned SeedIndex, unsigned Size, double AvgId,\r
  61           const char *Label) const;\r
  62         void WriteNewCluster(unsigned SeedIndex, unsigned Size, double AvgId,\r
  63           const char *Label) const;\r
  64         void WriteSeqX(FILE *f, const byte *Seq, unsigned L, const char *CompressedPath) const;\r
  65         };\r
  66 \r
  67 #endif // uc_h\r