trimseqscommand.h

   1 #ifndef TRIMSEQSCOMMAND_H
   2 #define TRIMSEQSCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  trimseqscommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 6/6/09.
   9  *  Copyright 2009 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "globaldata.hpp"
  16 #include "sequence.hpp"
  17
  18 class TrimSeqsCommand : public Command {
  19 public:
  20         TrimSeqsCommand(string);
  21         ~TrimSeqsCommand();
  22         int execute();
  23         void help();
  24
  25 private:
  26         void getOligos();
  27         bool stripBarcode(Sequence&, string&);
  28         bool stripForward(Sequence&);
  29         bool stripReverse(Sequence&);
  30         bool cullLength(Sequence&);
  31         bool cullHomoP(Sequence&);
  32         bool cullAmbigs(Sequence&);
  33
  34         GlobalData* globaldata;
  35         OptionParser* parser;
  36         map<string, string> parameters;
  37         map<string, string>::iterator it;
  38         bool abort;
  39         string fastafile;
  40         bool oligos, flip;
  41         int numFPrimers, numRPrimers, maxAmbig, maxHomoP, minLength, maxLength;
  42         vector<string> forPrimer, revPrimer;
  43         map<string, string> barcodes;
  44 };
  45
  46 #endif