treenode.h

   1 #ifndef TREENODE_H
   2 #define TREENODE_H
   3
   4 /*
   5  *  treenode.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Sarah Westcott on 1/23/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 using namespace std;
  14
  15 #include <string>
  16 #include <iostream>
  17 #include <fstream>
  18 #include <iomanip>
  19 #include <vector>
  20 #include <map>
  21
  22 /* This class represents a node on a tree. */
  23
  24
  25 class Node  {
  26         public:
  27                 Node();  //pass it the sequence name
  28                 ~Node() {};
  29
  30                 void setName(string);
  31                 void setGroup(string);
  32                 void setBranchLength(float);
  33                 void setParent(int);
  34                 void setChildren(int, int);             //leftchild, rightchild
  35                 void setIndex(int);
  36
  37                 string getName();
  38                 string getGroup();
  39                 float getBranchLength();
  40                 int getParent();
  41                 int getLChild();
  42                 int getRChild();
  43                 int getIndex();
  44                 void printNode(ostream&);   //prints out the name and the branch length
  45
  46
  47                 //pGroup is the parsimony group info.  i.e. for a leaf node it would contain 1 enter pGroup["groupname"] = 1;
  48                 //but for a branch node it may contain several entries so if the nodes children are from different groups it
  49                 //would have at least two entries pgroup["groupnameOfLeftChild"] = 1, pgroup["groupnameOfRightChild"] = 1.
  50                 //pCount is the nodes descendant group infomation.  i.e. pCount["black"] = 20 would mean that 20 of the nodes
  51                 //descendant are from group black.
  52
  53                 map<string, int> pGroups; //leaf nodes will only have 1 group, but branch nodes may have multiple groups.
  54                 map<string, int> pcount;
  55
  56         private:
  57                 string                  name;
  58                 string                  group;
  59                 float                   branchLength;
  60                 int                             parent;
  61                 int                             lchild;
  62                 int                             rchild;
  63                 int                             vectorIndex;
  64 };
  65
  66 #endif