taxonomyequalizer.h

   1 #ifndef TAXONOMYEQUALIZER_H
   2 #define TAXONOMYEQUALIZER_H
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   5 /*
   6  *  taxonomyequalizer.h
   7  *  Mothur
   8  *
   9  *  Created by westcott on 11/20/09.
  10  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
  11  *
  12  */
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  14 #include "mothur.h"
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  16 //reads in taxonomy file and makes all the taxonomies the same length
  17 //by appending the last taxon to a given taxonomy as many times as needed to
  18 //make it as long as the longest taxonomy in the file
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  20 /**************************************************************************************************/
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  22 class TaxEqualizer  {
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  24 public:
  25         TaxEqualizer(string, int);
  26         ~TaxEqualizer() {};
  27
  28         string getEqualizedTaxFile()    {       return equalizedFile;   }
  29         int getHighestLevel()                   {       return highestLevel;    }
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  31
  32 private:
  33         string equalizedFile, testTax;
  34         bool containsConfidence;
  35         int cutoff, highestLevel;
  36         map<string, int> seqLevels;  //maps name to level of taxonomy
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  38         int getHighestLevel(ifstream&);  //scans taxonomy file to find taxonomy with highest level
  39         void extendTaxonomy(string, string&, int);  //name, taxonomy, desired level
  40         void truncateTaxonomy(string, string&, int);  //name, taxonomy, desired level
  41         void removeConfidences(string&);  //removes the confidence limits on the taxon
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  44 };
  45
  46 /**************************************************************************************************/
  47
  48
  49 #endif
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