taxonomyequalizer.h

   1 #ifndef TAXONOMYEQUALIZER_H
   2 #define TAXONOMYEQUALIZER_H
   3
   4
   5 /*
   6  *  taxonomyequalizer.h
   7  *  Mothur
   8  *
   9  *  Created by westcott on 11/20/09.
  10  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
  11  *
  12  */
  13
  14 #include "mothur.h"
  15
  16 //reads in taxonomy file and makes all the taxonomies the same length
  17 //by appending the last taxon to a given taxonomy as many times as needed to
  18 //make it as long as the longest taxonomy in the file
  19
  20 /**************************************************************************************************/
  21
  22 class TaxEqualizer  {
  23
  24 public:
  25         TaxEqualizer(string, int);
  26         ~TaxEqualizer() {};
  27
  28         string getEqualizedTaxFile()    {  return equalizedFile;        }
  29
  30
  31 private:
  32         string equalizedFile, testTax;
  33         bool containsConfidence;
  34         int cutoff;
  35         map<string, int> seqLevels;  //maps name to level of taxonomy
  36
  37         int getHighestLevel(ifstream&);  //scans taxonomy file to find taxonomy with highest level
  38         void extendTaxonomy(string, string&, int);  //name, taxonomy, desired level
  39         void truncateTaxonomy(string, string&, int);  //name, taxonomy, desired level
  40         void removeConfidences(string&);  //removes the confidence limits on the taxon
  41
  42
  43 };
  44
  45 /**************************************************************************************************/
  46
  47
  48 #endif
  49
  50