sracommand.h

   1 //
   2 //  sracommand.h
   3 //  Mothur
   4 //
   5 //  Created by SarahsWork on 10/28/13.
   6 //  Copyright (c) 2013 Schloss Lab. All rights reserved.
   7 //
   8
   9 #ifndef Mothur_sracommand_h
  10 #define Mothur_sracommand_h
  11
  12 #include "command.hpp"
  13 #include "trimoligos.h"
  14
  15 /**************************************************************************************************/
  16
  17 class SRACommand : public Command {
  18 public:
  19     SRACommand(string);
  20     SRACommand();
  21     ~SRACommand(){}
  22
  23     vector<string> setParameters();
  24     string getCommandName()                     { return "sra";                 }
  25     string getCommandCategory()         { return "Sequence Processing";         }
  26
  27     string getOutputPattern(string);
  28
  29         string getHelpString();
  30     string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/sra"; }
  31     string getDescription()             { return "create a Sequence Read Archive / SRA"; }
  32
  33     int execute();
  34     void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  35
  36 private:
  37     bool abort, isSFF, pairedOligos;
  38     int tdiffs, bdiffs, pdiffs, sdiffs, ldiffs;
  39     string sfffile, fastqfile, outputDir, file, oligosfile, contactfile, inputfile, mimarksfile;
  40     string libStrategy, libSource, libSelection, libLayout, platform, instrumentModel, fileType, dataType;
  41     string submissionName, lastName, firstName, email, centerName, centerType, description, website, orientation, packageType;
  42     string projectName, grantId, grantTitle, grantAgency, projectTitle;
  43     vector<string> outputNames, Groups;
  44     vector<string> primerNameVector;
  45     vector<string> barcodeNameVector;
  46     map<string, vector<string> > Group2Barcode;
  47     map<string, vector<string> > Group2Primer;
  48     map<string, string> Group2Organism;
  49     map<string, map<string, string> > mimarks;  //group -> <field -> valueForGroup> ex.  F003D001 -> <lat_lon -> 42.282026 -83.733850>
  50     set<string> uniqueNames;
  51
  52     bool checkCasesInstrumentModels(string&);
  53     bool checkCasesPlatforms(string&);
  54     bool checkCasesLibStrategy(string&);
  55     bool checkCasesLibSource(string&);
  56     bool checkCasesLibSelection(string&);
  57     bool checkCasesDataType(string&);
  58     bool sanityCheckMiMarksGroups();
  59     int readFile(map<string, vector<string> >&);
  60     int readContactFile();
  61     int readMIMarksFile();
  62     int readOligos();
  63     int parseSffFile(map<string, vector<string> >&);
  64     int parseFastqFile(map<string, vector<string> >&);
  65     int checkGroups(map<string, vector<string> >&);
  66     int mapGroupToFile(map<string, vector<string> >&, vector<string>);
  67     string reverseOligo(string oligo);
  68
  69 };
  70
  71 /**************************************************************************************************/
  72
  73
  74
  75 #endif