sparsematrix.hpp

   1 #ifndef SPARSEMATRIX_H
   2 #define SPARSEMATRIX_H
   3
   4 #include "mothur.h"
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   6
   7 class ListVector;
   8
   9 /***********************************************************************/
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  12  struct PCell{
  13         ull row;
  14         ull column;
  15         float dist;
  16         PCell** vectorMap;
  17         PCell() : row(0), column(0), dist(0), vectorMap(NULL) {};
  18         PCell(ull r, ull c, float d) : row(r), column(c), dist(d), vectorMap(NULL) {};
  19 };
  20
  21 /***********************************************************************/
  22
  23 typedef list<PCell>::iterator MatData;
  24
  25 class SparseMatrix {
  26
  27 public:
  28         SparseMatrix();
  29         int getNNodes();
  30         void print();                                   //Print the contents of the matrix
  31         void print(ListVector*);                //Print the contents of the matrix
  32         PCell* getSmallestCell();               //Return the cell with the smallest distance
  33         float getSmallDist();
  34
  35         MatData rmCell(MatData);
  36         void addCell(PCell);
  37         void clear();
  38         MatData begin();
  39         MatData end();
  40
  41 private:
  42         PCell* smallCell;                               //The cell with the smallest distance
  43         int numNodes;
  44
  45         list<PCell> matrix;
  46
  47         vector<PCell*> mins;
  48         float smallDist;
  49         int minsIndex;
  50 };
  51
  52 /***********************************************************************/
  53
  54 #endif