sparsematrix.cpp

   1
   2 #include "sparsematrix.hpp"
   3 #include "listvector.hpp"
   4
   5 typedef list<PCell>::iterator MatData;
   6
   7 /***********************************************************************/
   8
   9 SparseMatrix::SparseMatrix() : numNodes(0), minsIndex(0), smallDist(1e6){}
  10
  11 /***********************************************************************/
  12
  13 int SparseMatrix::getNNodes(){
  14         return numNodes;
  15 }
  16
  17 /***********************************************************************/
  18
  19 float SparseMatrix::getSmallDist(){
  20         return smallDist;
  21 }
  22
  23 /***********************************************************************/
  24
  25 void SparseMatrix::rmCell(MatData data){
  26         try {
  27                 if(data->vectorMap != NULL ){
  28                         *(data->vectorMap) = NULL;
  29                         data->vectorMap = NULL;
  30                 }
  31                 matrix.erase(data);
  32                 numNodes--;
  33
  34         //  seems like i should be updating smallDist here, but the only time we remove cells is when
  35         //  clustering and the clustering algorithm updates smallDist
  36         }
  37         catch(exception& e) {
  38                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SparseMatrix class Function rmCell. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  39                 exit(1);
  40         }
  41         catch(...) {
  42                 cout << "An unknown error has occurred in the SparseMatrix class function rmCell. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  43                 exit(1);
  44         }
  45 }
  46
  47 /***********************************************************************/
  48
  49 void SparseMatrix::addCell(PCell value){
  50         try {
  51                 matrix.push_back(value);
  52                 numNodes++;
  53                 if(value.dist < smallDist){
  54                         smallDist = value.dist;
  55                 }
  56         }
  57         catch(exception& e) {
  58                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SparseMatrix class Function addCell. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  59                 exit(1);
  60         }
  61         catch(...) {
  62                 cout << "An unknown error has occurred in the SparseMatrix class function addCell. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  63                 exit(1);
  64         }
  65 }
  66
  67 /***********************************************************************/
  68
  69 void SparseMatrix::clear(){
  70         try {
  71                 matrix.clear();
  72                 mins.clear();
  73                 numNodes = 0;
  74                 minsIndex = 0;
  75                 smallDist = 1e6;
  76         }
  77         catch(exception& e) {
  78                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SparseMatrix class Function clear. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  79                 exit(1);
  80         }
  81         catch(...) {
  82                 cout << "An unknown error has occurred in the SparseMatrix class function clear. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  83                 exit(1);
  84         }
  85 }
  86
  87 /***********************************************************************/
  88
  89 MatData SparseMatrix::begin(){
  90         return matrix.begin();
  91 }
  92
  93 /***********************************************************************/
  94
  95 MatData SparseMatrix::end(){
  96         return matrix.end();
  97 }
  98
  99 /***********************************************************************/
 100
 101 void SparseMatrix::print(){
 102         try {
 103                 int index = 0;
 104
 105                 cout << endl << "Index\tRow\tColumn\tDistance" << endl;
 106
 107                 for(MatData currentCell=matrix.begin();currentCell!=matrix.end();currentCell++){
 108                         cout << index << '\t' << currentCell->row  << '\t' << currentCell->column << '\t' << currentCell->dist << endl;
 109                         index++;
 110                 }
 111         }
 112         catch(exception& e) {
 113                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SparseMatrix class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 114                 exit(1);
 115         }
 116         catch(...) {
 117                 cout << "An unknown error has occurred in the SparseMatrix class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 118                 exit(1);
 119         }
 120 }
 121
 122 /***********************************************************************/
 123
 124 void SparseMatrix::print(ListVector* list){
 125         try {
 126                 int index = 0;
 127
 128                 cout << endl << "Index\tRow\tColumn\tDistance" << endl;
 129
 130                 for(MatData currentCell=matrix.begin();currentCell!=matrix.end();currentCell++){
 131                         cout << index << '\t' << list->get(currentCell->row)  << '\t' << list->get(currentCell->column) << '\t' << currentCell->dist << endl;
 132                         index++;
 133                 }
 134         }
 135         catch(exception& e) {
 136                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SparseMatrix class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 137                 exit(1);
 138         }
 139         catch(...) {
 140                 cout << "An unknown error has occurred in the SparseMatrix class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 141                 exit(1);
 142         }
 143 }
 144
 145 /***********************************************************************/
 146
 147 PCell* SparseMatrix::getSmallestCell(){
 148         try {
 149         //      this is where I check to see if the next small distance has the correct distance
 150         //      if it doesn't then I remove the offending Cell -> should also be able to check for
 151         //      invalid iterator / pointer -- right???
 152
 153                 while(!mins.empty() && mins.back() == NULL){
 154                         mins.pop_back();
 155                 }
 156
 157         //      if the mins vector is empty go here...
 158                 if(mins.empty()){
 159                         mins.clear();
 160
 161                         smallDist = begin()->dist;  //set the first candidate small distance
 162
 163                         for(MatData currentCell=begin();currentCell!=end();currentCell++){
 164
 165                                 float dist = currentCell->dist;
 166
 167                                 if(dist < smallDist){  //found a new smallest distance
 168                                         mins.clear();
 169                                         smallDist = dist;
 170                                         mins.push_back(&*currentCell);  //this is the address of the data in the list being pointed to by the MatData iterator
 171                                 }
 172                                 else if(dist == smallDist){  //if a subsequent distance is the same as mins distance add the new iterator to the mins vector
 173                                         mins.push_back(&*currentCell); //this is the address of the data in the list being pointed to by the MatData iterator
 174                                 }
 175
 176                         }
 177                         random_shuffle(mins.begin(), mins.end());  //randomize the order of the iterators in the mins vector
 178
 179                         for(int i=0;i<mins.size();i++){
 180                                 mins[i]->vectorMap = &mins[i];  //assign vectorMap to the address for the container
 181                         }
 182
 183                 }
 184
 185                 smallCell = mins.back();        //make the smallestCell the last element of the vector
 186
 187                 mins.pop_back();                        //remove the last element from the vector
 188
 189                 return smallCell;
 190         }
 191         catch(exception& e) {
 192                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SparseMatrix class Function getSmallestCell. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 193                 exit(1);
 194         }
 195         catch(...) {
 196                 cout << "An unknown error has occurred in the SparseMatrix class function getSmallestCell. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 197                 exit(1);
 198         }
 199 }
 200
 201 /***********************************************************************/
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