sparsematrix.cpp

   1 #include <vector>
   2 #include <iostream>
   3 #include <list>
   4 #include "utilities.hpp"
   5 #include "sparsematrix.hpp"
   6 #include "listvector.hpp"
   7 #include <exception>
   8
   9 using namespace std;
  10
  11 typedef list<PCell>::iterator MatData;
  12
  13 /***********************************************************************/
  14
  15 SparseMatrix::SparseMatrix() : numNodes(0), minsIndex(0), smallDist(1e6){};
  16
  17 /***********************************************************************/
  18
  19 int SparseMatrix::getNNodes(){
  20         return numNodes;
  21 }
  22
  23 /***********************************************************************/
  24
  25 float SparseMatrix::getSmallDist(){
  26         return smallDist;
  27 }
  28
  29 /***********************************************************************/
  30
  31 void SparseMatrix::rmCell(MatData data){
  32         try {
  33                 if(data->vectorMap != NULL ){
  34                         *(data->vectorMap) = NULL;
  35                         data->vectorMap = NULL;
  36                 }
  37                 matrix.erase(data);
  38                 numNodes--;
  39
  40         //  seems like i should be updating smallDist here, but the only time we remove cells is when
  41         //  clustering and the clustering algorithm updates smallDist
  42         }
  43         catch(exception& e) {
  44                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SparseMatrix class Function rmCell. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  45                 exit(1);
  46         }
  47         catch(...) {
  48                 cout << "An unknown error has occurred in the SparseMatrix class function rmCell. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  49                 exit(1);
  50         }
  51 }
  52
  53 /***********************************************************************/
  54
  55 void SparseMatrix::addCell(PCell value){
  56         try {
  57                 matrix.push_back(value);
  58                 numNodes++;
  59                 if(value.dist < smallDist){
  60                         smallDist = value.dist;
  61                 }
  62         }
  63         catch(exception& e) {
  64                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SparseMatrix class Function addCell. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  65                 exit(1);
  66         }
  67         catch(...) {
  68                 cout << "An unknown error has occurred in the SparseMatrix class function addCell. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  69                 exit(1);
  70         }
  71 }
  72
  73 /***********************************************************************/
  74
  75 void SparseMatrix::clear(){
  76         try {
  77                 matrix.clear();
  78                 mins.clear();
  79                 numNodes = 0;
  80                 minsIndex = 0;
  81                 smallDist = 1e6;
  82         }
  83         catch(exception& e) {
  84                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SparseMatrix class Function clear. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  85                 exit(1);
  86         }
  87         catch(...) {
  88                 cout << "An unknown error has occurred in the SparseMatrix class function clear. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  89                 exit(1);
  90         }
  91 }
  92
  93 /***********************************************************************/
  94
  95 MatData SparseMatrix::begin(){
  96         return matrix.begin();
  97 }
  98
  99 /***********************************************************************/
 100
 101 MatData SparseMatrix::end(){
 102         return matrix.end();
 103 }
 104
 105 /***********************************************************************/
 106
 107 void SparseMatrix::print(){
 108         try {
 109                 int index = 0;
 110
 111                 cout << endl << "Index\tRow\tColumn\tDistance" << endl;
 112
 113                 for(MatData currentCell=matrix.begin();currentCell!=matrix.end();currentCell++){
 114                         cout << index << '\t' << currentCell->row  << '\t' << currentCell->column << '\t' << currentCell->dist << endl;
 115                         index++;
 116                 }
 117         }
 118         catch(exception& e) {
 119                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SparseMatrix class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 120                 exit(1);
 121         }
 122         catch(...) {
 123                 cout << "An unknown error has occurred in the SparseMatrix class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 124                 exit(1);
 125         }
 126 }
 127
 128 /***********************************************************************/
 129
 130 void SparseMatrix::print(ListVector* list){
 131         try {
 132                 int index = 0;
 133
 134                 cout << endl << "Index\tRow\tColumn\tDistance" << endl;
 135
 136                 for(MatData currentCell=matrix.begin();currentCell!=matrix.end();currentCell++){
 137                         cout << index << '\t' << list->get(currentCell->row)  << '\t' << list->get(currentCell->column) << '\t' << currentCell->dist << endl;
 138                         index++;
 139                 }
 140         }
 141         catch(exception& e) {
 142                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SparseMatrix class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 143                 exit(1);
 144         }
 145         catch(...) {
 146                 cout << "An unknown error has occurred in the SparseMatrix class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 147                 exit(1);
 148         }
 149 }
 150
 151 /***********************************************************************/
 152
 153 PCell* SparseMatrix::getSmallestCell(){
 154         try {
 155         //      this is where I check to see if the next small distance has the correct distance
 156         //      if it doesn't then I remove the offending Cell -> should also be able to check for
 157         //      invalid iterator / pointer -- right???
 158
 159                 while(!mins.empty() && mins.back() == NULL){
 160                         mins.pop_back();
 161                 }
 162
 163         //      if the mins vector is empty go here...
 164                 if(mins.empty()){
 165                         mins.clear();
 166
 167                         smallDist = begin()->dist;  //set the first candidate small distance
 168
 169                         for(MatData currentCell=begin();currentCell!=end();currentCell++){
 170
 171                                 float dist = currentCell->dist;
 172
 173                                 if(dist < smallDist){  //found a new smallest distance
 174                                         mins.clear();
 175                                         smallDist = dist;
 176                                         mins.push_back(&*currentCell);  //this is the address of the data in the list being pointed to by the MatData iterator
 177                                 }
 178                                 else if(dist == smallDist){  //if a subsequent distance is the same as mins distance add the new iterator to the mins vector
 179                                         mins.push_back(&*currentCell); //this is the address of the data in the list being pointed to by the MatData iterator
 180                                 }
 181
 182                         }
 183                         random_shuffle(mins.begin(), mins.end());  //randomize the order of the iterators in the mins vector
 184
 185                         for(int i=0;i<mins.size();i++){
 186                                 mins[i]->vectorMap = &mins[i];  //assign vectorMap to the address for the container
 187                         }
 188
 189                 }
 190
 191                 smallCell = mins.back();        //make the smallestCell the last element of the vector
 192
 193                 mins.pop_back();                        //remove the last element from the vector
 194
 195                 return smallCell;
 196         }
 197         catch(exception& e) {
 198                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SparseMatrix class Function getSmallestCell. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 199                 exit(1);
 200         }
 201         catch(...) {
 202                 cout << "An unknown error has occurred in the SparseMatrix class function getSmallestCell. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 203                 exit(1);
 204         }
 205 }
 206
 207 /***********************************************************************/
 208