source/sequenceparser.h

   1 #ifndef SEQUENCEPARSER_H
   2 #define SEQUENCEPARSER_H
   3
   4 /*
   5  *  sequenceParser.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 9/9/11.
   9  *  Copyright 2011 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13
  14 #include "mothur.h"
  15 #include "mothurout.h"
  16 #include "sequence.hpp"
  17 #include "groupmap.h"
  18
  19 /* This class reads a fasta and group file with a namesfile as optional and parses the data by group.
  20
  21         Note: The sum of all the groups unique sequences will be larger than the original number of unique sequences.
  22         This is because when we parse the name file we make a unique for each group instead of 1 unique for all
  23         groups.
  24
  25  */
  26
  27 class SequenceParser {
  28
  29         public:
  30
  31                 SequenceParser(string, string);                 //group, fasta - file mismatches will set m->control_pressed = true
  32                 SequenceParser(string, string, string); //group, fasta, name  - file mismatches will set m->control_pressed = true
  33                 ~SequenceParser();
  34
  35                 //general operations
  36                 int getNumGroups();
  37                 vector<string> getNamesOfGroups();
  38                 bool isValidGroup(string);  //return true if string is a valid group
  39                 string getGroup(string);        //returns group of a specific sequence
  40
  41                 int getNumSeqs(string);         //returns the number of unique sequences in a specific group
  42                 vector<Sequence> getSeqs(string); //returns unique sequences in a specific group
  43                 map<string, string> getNameMap(string); //returns seqName -> namesOfRedundantSeqs separated by commas for a specific group - the name file format, but each line is parsed by group.
  44
  45                 int getSeqs(string, string, bool); //prints unique sequences in a specific group to a file - group, filename, uchimeFormat=false
  46                 int getNameMap(string, string); //print seqName -> namesOfRedundantSeqs separated by commas for a specific group - group, filename
  47
  48                 map<string, string> getAllSeqsMap(){ return allSeqsMap; }  //returns map where the key=sequenceName and the value=representativeSequence - helps us remove duplicates after group by group processing
  49         private:
  50
  51                 GroupMap* groupMap;
  52                 MothurOut* m;
  53
  54                 int numSeqs;
  55                 map<string, string> allSeqsMap;
  56                 map<string, vector<Sequence> > seqs; //a vector for each group
  57                 map<string, map<string, string> > nameMapPerGroup; //nameMap for each group
  58 };
  59
  60 #endif
  61