shen.cpp

   1 /*
   2  *  shen.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Thomas Ryabin on 5/18/09.
   6  *  Copyright 2009Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "shen.h"
  11 #include "ace.h"
  12
  13
  14 /***********************************************************************/
  15 EstOutput Shen::getValues(SAbundVector* rank){
  16
  17         try {
  18                 globaldata = GlobalData::getInstance();
  19
  20                 data.resize(1,0);
  21
  22                 double n = (double)rank->getNumSeqs();
  23                 double f1 = (double)rank->get(1);
  24
  25                 Ace* calc = new Ace(abund);
  26                 EstOutput ace = calc->getValues(rank);
  27
  28                 double f0 = ace[0]-rank->getNumBins();
  29
  30                 data[0] = f0 * (1 - pow(1 - f1/n/f0, m));
  31
  32                 return data;
  33         }
  34         catch(exception& e) {
  35                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the Coverage class Function getValues. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  36                 exit(1);
  37         }
  38         catch(...) {
  39                 cout << "An unknown error has occurred in the Coverage class function getValues. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  40                 exit(1);
  41         }
  42 };
  43
  44
  45 /***********************************************************************/