sharedbdiversity.h

   1 #ifndef SHAREDBDIVERSITY_H
   2 #define SHAREDBDIVERSITY_H
   3 /*
   4  *  bdiversity.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Thomas Ryabin on 3/13/09.
   8  *  Copyright 2009 __MyCompanyName__. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11 #include "calculator.h"
  12
  13 /*This class implements the BDiversity estimator on 2 groups.
  14 It is a child of the calculator class.*/
  15
  16 /***********************************************************************/
  17
  18 class SharedBDiversity : public Calculator  {
  19
  20 public:
  21         SharedBDiversity() : Calculator("sharedbdiversity", 3) {};
  22         EstOutput getValues(SAbundVector*) {return data;};
  23         EstOutput getValues(SharedRAbundVector*, SharedRAbundVector*);
  24 private:
  25         double whitt(SharedRAbundVector*, SharedRAbundVector*);
  26         double ms(SharedRAbundVector*, SharedRAbundVector*);
  27         double sor(SharedRAbundVector*, SharedRAbundVector*);
  28         double mor(SharedRAbundVector*, SharedRAbundVector*);
  29 };
  30
  31 /***********************************************************************/
  32
  33 #endif