sffinfocommand.h

   1 #ifndef SFFINFOCOMMAND_H
   2 #define SFFINFOCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  sffinfocommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 7/7/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "command.hpp"
  14
  15 #define SFF_MAGIC   0x2e736666 /* ".sff" */
  16 #define SFF_VERSION "\0\0\0\1"
  17
  18 /**********************************************************/
  19 struct CommonHeader {
  20         unsigned int magicNumber;
  21         char* version;
  22         unsigned long int indexOffset;
  23         unsigned int indexLength;
  24         unsigned int numReads;
  25         unsigned short headerLength;
  26         unsigned short keyLength;
  27         unsigned short numFlowsPerRead;
  28         char flogramFormatCode;
  29         char* flowChars; //length depends on number flow reads
  30         char* keySequence; //length depends on key length
  31 };
  32 /**********************************************************/
  33 struct Header {
  34         unsigned short headerLength;
  35         unsigned short nameLength;
  36         unsigned int numBases;
  37         unsigned short clipQualLeft;
  38         unsigned short clipQualRight;
  39         unsigned short clipAdapterLeft;
  40         unsigned short clipAdapterRight;
  41         char* name; //length depends on nameLength
  42 };
  43 /**********************************************************/
  44 struct seqRead {
  45         vector<unsigned short> flowgram;
  46         vector<unsigned int> flowIndex;
  47         char* bases;
  48         vector<unsigned int> qualScores;
  49 };
  50 /**********************************************************/
  51
  52 class SffInfoCommand : public Command {
  53
  54 public:
  55         SffInfoCommand(string);
  56         ~SffInfoCommand();
  57         int execute();
  58         void help();
  59
  60 private:
  61         string sffFilename, outputDir;
  62         vector<string> filenames, outputNames;
  63         bool abort;
  64
  65         int extractSffInfo(string, string);
  66         int readCommonHeader(ifstream&, CommonHeader*&);
  67         int readHeader(ifstream&, Header*&);
  68         int readSeqData(ifstream&, seqRead*&, int, int);
  69
  70         int printCommonHeader(ofstream&, CommonHeader*, bool); //bool is debug mode
  71         int printHeader(ofstream&, Header*, bool);
  72         int printSeqData(ofstream&, seqRead*, bool);
  73
  74 };
  75
  76 /**********************************************************/
  77
  78 #endif
  79
  80