setnucmx.cpp

   1 //uchime by Robert C. Edgar http://drive5.com/uchime This code is donated to the public domain.\r
   2 \r
   3 #include "myutils.h"\r
   4 #include "mx.h"\r
   5 \r
   6 Mx<float> g_SubstMxf;\r
   7 float **g_SubstMx;\r
   8 \r
   9 static const char Alphabet[] = "ACGTU";\r
  10 \r
  11 void SetNucSubstMx(double Match, double Mismatch)\r
  12         {\r
  13         static bool Done = false;\r
  14         if (Done)\r
  15                 return;\r
  16         Done = true;\r
  17 \r
  18         if (Match <= 0.0)\r
  19                 Die("Match score should be +ve");\r
  20         if (Mismatch >= 0.0)\r
  21                 Die("Mismatch score should be -ve");\r
  22 \r
  23         unsigned N = unsigned(strlen(Alphabet));\r
  24 \r
  25         g_SubstMxf.Alloc("NUCMX", 256, 256);\r
  26         strcpy(g_SubstMxf.m_Alpha, "ACGT");\r
  27         g_SubstMxf.Init(0);\r
  28         g_SubstMx = g_SubstMxf.GetData();\r
  29         for (unsigned i = 0; i < N; ++i)\r
  30                 {\r
  31                 for (unsigned j = 0; j < N; ++j)\r
  32                         {\r
  33                         float v = float(i == j ? Match : Mismatch);\r
  34 \r
  35                         byte ui = (byte) toupper(Alphabet[i]);\r
  36                         byte uj = (byte) toupper(Alphabet[j]);\r
  37                         byte li = (byte) tolower(ui);\r
  38                         byte lj = (byte) tolower(uj);\r
  39                         ui = (byte) toupper(ui);\r
  40                         uj = (byte) toupper(uj);\r
  41 \r
  42                         g_SubstMx[ui][uj] = v;\r
  43                         g_SubstMx[uj][ui] = v;\r
  44 \r
  45                         g_SubstMx[ui][lj] = v;\r
  46                         g_SubstMx[uj][li] = v;\r
  47 \r
  48                         g_SubstMx[li][uj] = v;\r
  49                         g_SubstMx[lj][ui] = v;\r
  50 \r
  51                         g_SubstMx[li][lj] = v;\r
  52                         g_SubstMx[lj][li] = v;\r
  53                         }\r
  54                 }\r
  55 \r
  56         for (unsigned j = 0; j < N; ++j)\r
  57                 {\r
  58                 float v = 0.0f;\r
  59 \r
  60                 byte ui = (byte) 'N';\r
  61                 byte uj = (byte) toupper(Alphabet[j]);\r
  62                 byte li = (byte) 'n';\r
  63                 byte lj = (byte) tolower(uj);\r
  64                 ui = (byte) toupper(ui);\r
  65                 uj = (byte) toupper(uj);\r
  66 \r
  67                 g_SubstMx[ui][uj] = v;\r
  68                 g_SubstMx[uj][ui] = v;\r
  69 \r
  70                 g_SubstMx[ui][lj] = v;\r
  71                 g_SubstMx[uj][li] = v;\r
  72 \r
  73                 g_SubstMx[li][uj] = v;\r
  74                 g_SubstMx[lj][ui] = v;\r
  75 \r
  76                 g_SubstMx[li][lj] = v;\r
  77                 g_SubstMx[lj][li] = v;\r
  78                 }\r
  79         }\r