sequencedb.cpp

   1 /*
   2  *  sequencedb.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Thomas Ryabin on 4/13/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "sequencedb.h"
  11 #include "sequence.hpp"
  12 #include "mothur.h"
  13 #include "calculator.h"
  14
  15
  16 /***********************************************************************/
  17
  18 SequenceDB::SequenceDB() {}
  19 /***********************************************************************/
  20 //the clear function free's the memory
  21 SequenceDB::~SequenceDB() { clear(); }
  22
  23 /***********************************************************************/
  24
  25 SequenceDB::SequenceDB(int newSize) {
  26         data.resize(newSize, NULL);
  27 }
  28
  29 /***********************************************************************/
  30
  31 SequenceDB::SequenceDB(ifstream& filehandle) {
  32         try{
  33                 string name, sequence, line;
  34                 sequence = "";
  35                 int c;
  36                 string temp;
  37
  38
  39                 //read through file
  40                 while ((c = filehandle.get()) != EOF) {
  41                         name = ""; sequence = "";
  42                         //is this a name
  43                         if (c == '>') {
  44                                 name = readName(filehandle);
  45                                 sequence = readSequence(filehandle);
  46                         }else {  cout << "Error fasta in your file. Please correct." << endl; }
  47
  48                         //input sequence info into sequencedb
  49                         Sequence* newSequence = new Sequence(name, sequence);
  50                         data.push_back(newSequence);
  51
  52                         //takes care of white space
  53                         gobble(filehandle);
  54                 }
  55
  56                 filehandle.close();
  57
  58         }
  59         catch(exception& e) {
  60                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SequenceDB class Function SequenceDB. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  61                 exit(1);
  62         }
  63         catch(...) {
  64                 cout << "An unknown error has occurred in the SequenceDB class function SequenceDB. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  65                 exit(1);
  66         }
  67 }
  68 /*******************************************************************************/
  69 string SequenceDB::readName(ifstream& in) {
  70         try{
  71                 string name = "";
  72                 int c;
  73                 string temp;
  74
  75                 while ((c = in.get()) != EOF) {
  76                         //if c is not a line return
  77                         if (c != 10) {
  78                                 name += c;
  79                         }else { break;  }
  80                 }
  81
  82                 return name;
  83         }
  84         catch(exception& e) {
  85                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SequenceDB class Function readName. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  86                 exit(1);
  87         }
  88         catch(...) {
  89                 cout << "An unknown error has occurred in the SequenceDB class function readName. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  90                 exit(1);
  91         }
  92 }
  93
  94 /*******************************************************************************/
  95 string SequenceDB::readSequence(ifstream& in) {
  96         try{
  97                 string sequence = "";
  98                 string line;
  99                 int pos, c;
 100
 101                 while (!in.eof()) {
 102                         //save position in file in case next line is a new name.
 103                         pos = in.tellg();
 104                         line = "";
 105                         in >> line;
 106                         //if you are at a new name
 107                         if (line[0] == '>') {
 108                                 //put file pointer back since you are now at a new name
 109                                 in.seekg(pos, ios::beg);
 110                                 c = in.get();  //because you put it back to a newline char
 111                                 break;
 112                         }else {  sequence += line;      }
 113                 }
 114
 115                 return sequence;
 116         }
 117         catch(exception& e) {
 118                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SequenceDB class Function readSequence. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 119                 exit(1);
 120         }
 121         catch(...) {
 122                 cout << "An unknown error has occurred in the SequenceDB class function readSequence. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 123                 exit(1);
 124         }
 125 }
 126
 127 /***********************************************************************/
 128
 129 int SequenceDB::getNumSeqs() {
 130         return data.size();
 131 }
 132
 133 /***********************************************************************/
 134
 135 void SequenceDB::set(int index, string newUnaligned) {
 136         try {
 137                 if (data[index] != NULL) {  delete data[index];  } //free memory
 138
 139                 Sequence* newSeq = new Sequence(data[index]->getName(), newUnaligned);
 140                 data[index] = newSeq;
 141         }
 142         catch(exception& e) {
 143                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SequenceDB class Function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 144                 exit(1);
 145         }
 146         catch(...) {
 147                 cout << "An unknown error has occurred in the SequenceDB class function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 148                 exit(1);
 149         }
 150 }
 151
 152 /***********************************************************************/
 153
 154 void SequenceDB::set(int index, Sequence* newSeq) {
 155         try {
 156                 if (data[index] != NULL) {  delete data[index];  } //free memory
 157                 data[index] = newSeq;
 158         }
 159         catch(exception& e) {
 160                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SequenceDB class Function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 161                 exit(1);
 162         }
 163         catch(...) {
 164                 cout << "An unknown error has occurred in the SequenceDB class function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 165                 exit(1);
 166         }
 167 }
 168
 169 /***********************************************************************/
 170
 171 Sequence* SequenceDB::get(int index) {
 172         return data[index];
 173 }
 174
 175 /***********************************************************************/
 176
 177 void SequenceDB::resize(int newSize) {
 178         try {
 179                 int size = data.size();
 180
 181                 for (int i = size; i > newSize; i--) {  delete data[i]; }
 182                 data.resize(newSize);
 183         }
 184         catch(exception& e) {
 185                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SequenceDB class Function resize. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 186                 exit(1);
 187         }
 188         catch(...) {
 189                 cout << "An unknown error has occurred in the SequenceDB class function resize. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 190                 exit(1);
 191         }
 192 }
 193
 194 /***********************************************************************/
 195
 196 void SequenceDB::clear() {
 197         try {
 198                 for (int i = 0; i < data.size(); i++) { delete data[i];  }
 199                 data.clear();
 200         }
 201         catch(exception& e) {
 202                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SequenceDB class Function clear. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 203                 exit(1);
 204         }
 205         catch(...) {
 206                 cout << "An unknown error has occurred in the SequenceDB class function clear. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 207                 exit(1);
 208         }
 209 }
 210
 211 /***********************************************************************/
 212
 213 int SequenceDB::size() {
 214         return data.size();
 215 }
 216
 217 /***********************************************************************/
 218
 219 void SequenceDB::print(ostream& out) {
 220         try {
 221                 for(int i = 0; i < data.size(); i++) {
 222                         data[i]->printSequence(out);
 223                 }
 224         }
 225         catch(exception& e) {
 226                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SequenceDB class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 227                 exit(1);
 228         }
 229         catch(...) {
 230                 cout << "An unknown error has occurred in the SequenceDB class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 231                 exit(1);
 232         }
 233 }
 234
 235 /***********************************************************************/
 236
 237 void SequenceDB::push_back(Sequence* newSequence) {
 238         try {
 239                 data.push_back(newSequence);
 240         }
 241         catch(exception& e) {
 242                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SequenceDB class Function add. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 243                 exit(1);
 244         }
 245         catch(...) {
 246                 cout << "An unknown error has occurred in the SequenceDB class function add. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 247                 exit(1);
 248         }
 249 }
 250
 251 /***********************************************************************/
 252