sequencedb.cpp

   1 /*
   2  *  sequencedb.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Thomas Ryabin on 4/13/09.
   6  *  Copyright 2009 __MyCompanyName__. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "sequencedb.h"
  11 #include "sequence.hpp"
  12 #include "mothur.h"
  13 #include "calculator.h"
  14
  15
  16 /***********************************************************************/
  17
  18 SequenceDB::SequenceDB() {}
  19
  20 /***********************************************************************/
  21
  22 SequenceDB::SequenceDB(int newSize) {
  23         data.resize(newSize);
  24 }
  25
  26 /***********************************************************************/
  27
  28 SequenceDB::SequenceDB(ifstream&) {}
  29
  30 /***********************************************************************/
  31
  32 int SequenceDB::getNumSeqs() {
  33         return data.size();
  34 }
  35
  36 /***********************************************************************/
  37
  38 void SequenceDB::set(int index, string newUnaligned) {
  39         Sequence newSeq(data[index].getName(), newUnaligned);
  40         data[index] = newSeq;
  41 }
  42
  43 /***********************************************************************/
  44
  45 void SequenceDB::set(int index, Sequence newSeq) {
  46         data[index] = newSeq;
  47 }
  48
  49 /***********************************************************************/
  50
  51 Sequence SequenceDB::get(int index) {
  52         return data[index];
  53 }
  54
  55 /***********************************************************************/
  56
  57 void SequenceDB::changeSize(int newSize) {
  58         data.resize(newSize);
  59 }
  60
  61 /***********************************************************************/
  62
  63 void SequenceDB::clear() {
  64         data.clear();
  65 }
  66
  67 /***********************************************************************/
  68
  69 int SequenceDB::size() {
  70         return data.size();
  71 }
  72
  73 /***********************************************************************/
  74
  75 void SequenceDB::print(ofstream& out) {
  76         for(int i = 0; i < data.size(); i++)
  77                 data[i].printSequence(out);
  78 }
  79
  80 /***********************************************************************/
  81
  82 void SequenceDB::add(Sequence newSequence) {
  83         try {
  84                 data.push_back(newSequence);
  85         }
  86         catch(exception& e) {
  87                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  88                 exit(1);
  89         }
  90         catch(...) {
  91                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  92                 exit(1);
  93         }
  94 }