sequence.hpp

   1 #ifndef SEQUENCE_H
   2 #define SEQUENCE_H
   3
   4 /*
   5  *  sequence.h
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 12/15/08.
   9  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  *      A sequence object has three components: i) an accession number / name, ii) the unaligned primary sequence, iii) a
  12  *      pairwise aligned sequence, and iv) a sequence that is aligned to a reference alignment.  This class has methods
  13  *      to set and get these values for the other classes where they are needed.  *
  14  *
  15  */
  16
  17 #include "mothur.h"
  18 #include "mothurout.h"
  19
  20 /**************************************************************************************************/
  21
  22 class Sequence {
  23 public:
  24         Sequence();
  25         Sequence(string, string);
  26         Sequence(ifstream&);
  27         Sequence(istringstream&);
  28
  29         //these constructors just set the unaligned string to save space
  30         Sequence(string, string, string);
  31         Sequence(ifstream&, string);
  32         Sequence(istringstream&, string);
  33
  34         void setName(string);
  35         void setUnaligned(string);
  36         void setPairwise(string);
  37         void setAligned(string);
  38         void setLength();
  39         void reverseComplement();
  40
  41         string convert2ints();
  42         string getName();
  43         string getAligned();
  44         string getPairwise();
  45         string getUnaligned();
  46         int getNumBases();
  47         int getStartPos();
  48         int getEndPos();
  49         int getAlignLength();
  50         int getAmbigBases();
  51         void removeAmbigBases();
  52         int getLongHomoPolymer();
  53         bool getIsAligned();
  54         void printSequence(ostream&);
  55
  56 private:
  57         MothurOut* m;
  58         void initialize();
  59         string getSequenceString(ifstream&);
  60         string getCommentString(ifstream&);
  61         string getSequenceString(istringstream&);
  62         string getCommentString(istringstream&);
  63         string name;
  64         string unaligned;
  65         string aligned;
  66         string pairwise;
  67         int numBases;
  68         int alignmentLength;
  69         bool isAligned;
  70         int longHomoPolymer;
  71         int ambigBases;
  72         int startPos, endPos;
  73 };
  74
  75 /**************************************************************************************************/
  76
  77 #endif