sequence.hpp

   1 #ifndef SEQUENCE_H
   2 #define SEQUENCE_H
   3
   4 /*
   5  *  sequence.h
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 12/15/08.
   9  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  *      A sequence object has three components: i) an accession number / name, ii) the unaligned primary sequence, iii) a
  12  *      pairwise aligned sequence, and iv) a sequence that is aligned to a reference alignment.  This class has methods
  13  *      to set and get these values for the other classes where they are needed.  *
  14  *
  15  */
  16
  17 #include "mothur.h"
  18 #include "mothurout.h"
  19
  20 /**************************************************************************************************/
  21
  22 class Sequence {
  23 public:
  24         Sequence();
  25         Sequence(string, string);
  26         Sequence(ifstream&);
  27         Sequence(istringstream&);
  28
  29         //these constructors just set the unaligned string to save space
  30         Sequence(string, string, string);
  31         Sequence(ifstream&, string);
  32         Sequence(istringstream&, string);
  33
  34         void setName(string);
  35         void setUnaligned(string);
  36         void setPairwise(string);
  37         void setAligned(string);
  38         void setLength();
  39         void reverseComplement();
  40         void trim(int);
  41
  42         string convert2ints();
  43         string getName();
  44         string getAligned();
  45         string getPairwise();
  46         string getUnaligned();
  47         string getInlineSeq();
  48         int getNumBases();
  49         int getStartPos();
  50         int getEndPos();
  51         void padToPos(int);
  52         void padFromPos(int);
  53         int getAlignLength();
  54         int getAmbigBases();
  55         void removeAmbigBases();
  56         int getLongHomoPolymer();
  57         bool getIsAligned();
  58         void printSequence(ostream&);
  59
  60 private:
  61         MothurOut* m;
  62         void initialize();
  63         string getSequenceString(ifstream&);
  64         string getCommentString(ifstream&);
  65         string getSequenceString(istringstream&);
  66         string getCommentString(istringstream&);
  67         string name;
  68         string unaligned;
  69         string aligned;
  70         string pairwise;
  71         int numBases;
  72         int alignmentLength;
  73         bool isAligned;
  74         int longHomoPolymer;
  75         int ambigBases;
  76         int startPos, endPos;
  77 };
  78
  79 /**************************************************************************************************/
  80
  81 #endif