sequence.hpp

   1 #ifndef SEQUENCE_H
   2 #define SEQUENCE_H
   3
   4 /*
   5  *  sequence.h
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 12/15/08.
   9  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  *      A sequence object has three components: i) an accession number / name, ii) the unaligned primary sequence, iii) a
  12  *      pairwise aligned sequence, and iv) a sequence that is aligned to a reference alignment.  This class has methods
  13  *      to set and get these values for the other classes where they are needed.  *
  14  *
  15  */
  16
  17 #include "mothur.h"
  18 #include "mothurout.h"
  19
  20 /**************************************************************************************************/
  21
  22 class Sequence {
  23 public:
  24         Sequence();
  25         Sequence(string, string);
  26         Sequence(ifstream&);
  27         Sequence(istringstream&);
  28
  29         void setName(string);
  30         void setUnaligned(string);
  31         void setPairwise(string);
  32         void setAligned(string);
  33         void setLength();
  34         void reverseComplement();
  35
  36         string convert2ints();
  37         string getName();
  38         string getAligned();
  39         string getPairwise();
  40         string getUnaligned();
  41         int getNumBases();
  42         int getStartPos();
  43         int getEndPos();
  44         int getAlignLength();
  45         int getAmbigBases();
  46         int getLongHomoPolymer();
  47         bool getIsAligned();
  48         void printSequence(ostream&);
  49
  50 private:
  51         MothurOut* m;
  52         void initialize();
  53         string getSequenceString(ifstream&);
  54         string getCommentString(ifstream&);
  55         string getSequenceString(istringstream&);
  56         string getCommentString(istringstream&);
  57         string name;
  58         string unaligned;
  59         string aligned;
  60         string pairwise;
  61         int numBases;
  62         int alignmentLength;
  63         bool isAligned;
  64         int longHomoPolymer;
  65         int ambigBases;
  66         int startPos, endPos;
  67 };
  68
  69 /**************************************************************************************************/
  70
  71 #endif