seqdb.h

   1 //uchime by Robert C. Edgar http://drive5.com/uchime This code is donated to the public domain.\r
   2 \r
   3 #ifndef seqdb_h\r
   4 #define seqdb_h\r
   5 \r
   6 #include <vector>\r
   7 #include <map>\r
   8 #include "myutils.h"\r
   9 \r
  10 struct SeqData;\r
  11 \r
  12 using namespace std;\r
  13 \r
  14 struct SeqDB\r
  15         {\r
  16 private:\r
  17         SeqDB(const SeqDB &rhs);\r
  18         SeqDB &operator=(const SeqDB &rhs);\r
  19 \r
  20 public:\r
  21         string m_FileName;\r
  22         char **m_Labels;\r
  23         byte **m_Seqs;\r
  24         unsigned *m_SeqLengths;\r
  25         unsigned m_SeqCount;\r
  26         unsigned m_Size;\r
  27 \r
  28         bool m_Aligned;\r
  29         bool m_IsNucleo;\r
  30         bool m_IsNucleoSet;\r
  31 \r
  32 public:\r
  33         SeqDB();\r
  34         ~SeqDB();\r
  35         void Clear(bool ctor = false);\r
  36         void InitEmpty(bool Nucleo);\r
  37 \r
  38         unsigned AddSeq(const char *Label, const byte *Seq, unsigned L);\r
  39 \r
  40         byte *GetSeq(unsigned SeqIndex) const\r
  41                 {\r
  42                 asserta(SeqIndex < m_SeqCount);\r
  43                 return m_Seqs[SeqIndex];\r
  44                 }\r
  45 \r
  46         const char *GetLabel(unsigned SeqIndex) const\r
  47                 {\r
  48                 asserta(SeqIndex < m_SeqCount);\r
  49                 return m_Labels[SeqIndex];\r
  50                 }\r
  51 \r
  52         unsigned GetSeqLength(unsigned SeqIndex) const\r
  53                 {\r
  54                 asserta(SeqIndex < m_SeqCount);\r
  55                 return m_SeqLengths[SeqIndex];\r
  56                 }\r
  57 \r
  58         unsigned GetSeqCount() const\r
  59                 {\r
  60                 return m_SeqCount;\r
  61                 }\r
  62 \r
  63         unsigned GetPairCount() const\r
  64                 {\r
  65                 unsigned SeqCount = GetSeqCount();\r
  66                 return (SeqCount*(SeqCount - 1))/2;\r
  67                 }\r
  68 \r
  69         unsigned GetPairIndex(unsigned SeqIndex1, unsigned SeqIndex2) const\r
  70                 {\r
  71                 if (SeqIndex1 > SeqIndex2)\r
  72                         return (SeqIndex1*(SeqIndex1 - 1))/2 + SeqIndex2;\r
  73                 return (SeqIndex2*(SeqIndex2 - 1))/2 + SeqIndex1;\r
  74                 }\r
  75 \r
  76         unsigned GetColCount() const\r
  77                 {\r
  78                 if (!m_Aligned)\r
  79                         Die("SeqDB::GetColCount, not aligned");\r
  80                 if (m_SeqCount == 0)\r
  81                         Die("SeqDB::GetColCount, empty");\r
  82                 return m_SeqLengths[0];\r
  83                 }\r
  84 \r
  85         bool IsNucleo() const\r
  86                 {\r
  87                 asserta(m_IsNucleoSet);\r
  88                 return m_IsNucleo;\r
  89                 }\r
  90 \r
  91         void GetSeqData(unsigned Id, SeqData &Buffer) const;\r
  92 \r
  93         unsigned GetMaxLabelLength() const;\r
  94         unsigned GetMaxSeqLength() const;\r
  95         void SetIsNucleo();\r
  96         unsigned GetIndex(const char *Label) const;\r
  97         void MakeLabelToIndex(map<string, unsigned> &LabelToIndex);\r
  98 \r
  99         void LogMe() const;\r
 100         void FromFasta(const string &FileName, bool AllowGaps = false);\r
 101 \r
 102         void ToFasta(const string &FileName) const;\r
 103         void ToFasta(FILE *f, unsigned SeqIndex) const;\r
 104         void SeqToFasta(FILE *f, unsigned SeqIndex, bool WithLabel = false) const;\r
 105 \r
 106         unsigned GetTotalLength() const;\r
 107         };\r
 108 \r
 109 bool isgap(byte c);\r
 110 \r
 111 #endif\r