seq.h

   1 //uchime by Robert C. Edgar http://drive5.com/uchime This code is donated to the public domain.\r
   2 \r
   3 #ifndef seq_h\r
   4 #define seq_h\r
   5 \r
   6 struct ORFData;\r
   7 \r
   8 struct SeqData\r
   9         {\r
  10         const char *Label;\r
  11         const byte *Seq;\r
  12         unsigned L;\r
  13         unsigned Index;\r
  14 \r
  15 // RevComp means that SeqData.Seq is reverse-complemented relative\r
  16 // to the sequence in the input file (query or db). Coordinates in\r
  17 // a hit (e.g., AlnData) will be relative to SeqData.Seq, so both\r
  18 // the sequence and the coordinates should be r.c.'d for output.\r
  19         bool RevComp;\r
  20         bool Nucleo;\r
  21         const ORFData *ORFParent;\r
  22 \r
  23         SeqData()\r
  24                 {\r
  25                 Clear();\r
  26                 }\r
  27 \r
  28         void Clear()\r
  29                 {\r
  30                 Label = 0;\r
  31                 Seq = 0;\r
  32                 L = 0;\r
  33                 Index = UINT_MAX;\r
  34                 RevComp = false;\r
  35                 Nucleo = false;\r
  36                 ORFParent = 0;\r
  37                 }\r
  38         };\r
  39 \r
  40 #endif // seq_h\r