sensspeccommand.h

   1 #ifndef SENSSPECCOMMAND_H
   2 #define SENSSPECCOMMAND_H
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   4
   5 /*
   6  *  sensspeccommand.h
   7  *  Mothur
   8  *
   9  *  Created by Pat Schloss on 7/6/10.
  10  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  11  *
  12  */
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  14 #include "mothur.h"
  15 #include "command.hpp"
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  17 class SensSpecCommand : public Command {
  18
  19 public:
  20         SensSpecCommand(string);
  21         ~SensSpecCommand();
  22         int execute();
  23         void help();
  24
  25 private:
  26         void processPhylip();
  27         void processColumn();
  28         void setUpOutput();
  29         void outputStatistics(string, string);
  30
  31         string listFile, distFile, nameFile, sensSpecFileName;
  32         string outputDir;
  33         string format;
  34
  35         long int truePositives, falsePositives, trueNegatives, falseNegatives;
  36         bool abort;
  37         bool hard;
  38         string lineLabel;
  39         double cutoff;
  40         int precision;
  41 };
  42
  43 #endif