screenseqscommand.h

   1 #ifndef SCREENSEQSCOMMAND_H
   2 #define SCREENSEQSCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  screenseqscommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 6/3/09.
   9  *  Copyright 2009 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12 #include "mothur.h"
  13 #include "command.hpp"
  14 #include "globaldata.hpp"
  15
  16 class ScreenSeqsCommand : public Command {
  17
  18 public:
  19         ScreenSeqsCommand(string);
  20         ~ScreenSeqsCommand();
  21         int execute();
  22         void help();
  23
  24 private:
  25         void screenNameGroupFile(set<string>);
  26         void screenGroupFile(set<string>);
  27
  28         GlobalData* globaldata;
  29         OptionParser* parser;
  30         map<string, string> parameters;
  31         map<string, string>::iterator it;
  32         bool abort;
  33         string fastafile, namefile, groupfile;
  34         int startPos, endPos, maxAmbig, maxHomoP, minLength, maxLength;
  35 };
  36
  37 #endif