readotucommand.cpp

   1 /*
   2  *  readotu.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/20/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS AMherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
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  10 #include "readotucommand.h"
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  12 //**********************************************************************************************************************
  13 ReadOtuCommand::ReadOtuCommand(){
  14         try {
  15                 globaldata = GlobalData::getInstance();
  16                 filename = globaldata->inputFileName;
  17                 read = new ReadPhilFile(filename);
  18         }
  19         catch(exception& e) {
  20                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ReadOtuCommand class Function ReadOtuCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  21                 exit(1);
  22         }
  23         catch(...) {
  24                 cout << "An unknown error has occurred in the ReadOtuCommand class function ReadOtuCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  25                 exit(1);
  26         }
  27 }
  28
  29 //**********************************************************************************************************************
  30
  31 ReadOtuCommand::~ReadOtuCommand(){
  32         delete read;
  33 }
  34
  35 //**********************************************************************************************************************
  36
  37 int ReadOtuCommand::execute(){
  38         try {
  39                 read->read(&*globaldata);
  40                 return 0;
  41         }
  42         catch(exception& e) {
  43                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ReadOtuCommand class Function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  44                 exit(1);
  45         }
  46         catch(...) {
  47                 cout << "An unknown error has occurred in the ReadOtuCommand class function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  48                 exit(1);
  49         }
  50 }
  51 //**********************************************************************************************************************