readdistcommand.h

   1 #ifndef READDISTCOMMAND_H
   2 #define READDISTCOMMAND_H
   3 /*
   4  *  readdistcommand.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 1/20/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "command.hpp"
  13 #include "readmatrix.hpp"
  14 #include "fullmatrix.h"
  15 #include "groupmap.h"
  16
  17 /* The read.dist command is used to read a distance matrix file.
  18 The read.dist command parameter options are phylipfile, columnfile, namefile, cutoff and precision.
  19 The read.dist command should be in the following format: read.dist(phylipfile=yourDistFile,
  20 namefile=yourNameFile, cutoff=yourCutoff, precision=yourPrecision). The phylipfile or columnfile are required and if you use a columnfile the namefile is required.
  21 If you do not provide a cutoff value 10.00 is assumed. If you do not provide a precision value then 100 is assumed.  */
  22
  23 class NameAssignment;
  24 class GlobalData;
  25
  26
  27 class ReadDistCommand : public Command {
  28 public:
  29         ReadDistCommand(string);
  30         ReadDistCommand() {}
  31         ~ReadDistCommand();
  32         vector<string> getRequiredParameters();
  33         vector<string> getValidParameters();
  34         vector<string> getRequiredFiles();
  35         map<string, vector<string> > getOutputFiles() { return outputTypes; }
  36         int execute();
  37         void help();
  38
  39 private:
  40         GlobalData* globaldata;
  41         double cutoff;
  42         int precision;
  43         ReadMatrix* read;
  44         FullMatrix* matrix;
  45         GroupMap* groupMap;
  46         string distFileName, format, method;
  47         string phylipfile, columnfile, namefile, groupfile, outputDir;
  48         NameAssignment* nameMap;
  49         vector<string> outputNames;
  50         map<string, vector<string> > outputTypes;
  51
  52         bool abort, sim;
  53
  54 };
  55
  56 #endif