readdistcommand.h

   1 #ifndef READDISTCOMMAND_H
   2 #define READDISTCOMMAND_H
   3 /*
   4  *  readdistcommand.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 1/20/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include <Carbon/Carbon.h>
  13 #include <iostream>
  14 #include <fstream>
  15 #include "command.hpp"
  16 #include "readmatrix.hpp"
  17
  18 /* The read.dist command is used to read a distance matrix file.
  19 The read.dist command parameter options are phylipfile, columnfile, namefile, cutoff and precision.
  20 The read.dist command should be in the following format: read.dist(phylipfile=yourDistFile,
  21 namefile=yourNameFile, cutoff=yourCutoff, precision=yourPrecision). The phylipfile or columnfile are required and if you use a columnfile the namefile is required.
  22 If you do not provide a cutoff value 10.00 is assumed. If you do not provide a precision value then 100 is assumed.  */
  23
  24 class NameAssignment;
  25 class GlobalData;
  26
  27
  28 class ReadDistCommand : public Command {
  29 public:
  30         ReadDistCommand();
  31         ~ReadDistCommand();
  32         int execute();
  33
  34 private:
  35         GlobalData* globaldata;
  36         double cutoff;
  37         int precision;
  38         ReadMatrix* read;
  39         string filename, format, method;
  40         NameAssignment* nameMap;
  41 };
  42
  43 #endif