parselistcommand.h

   1 #ifndef PARSELISTCOMMAND_H
   2 #define PARSELISTCOMMAND_H
   3 /*
   4  *  parselistcommand.h
   5  *  Dotur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 1/2/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "command.hpp"
  13 #include "rabundvector.hpp"
  14 #include "sharedlistvector.h"
  15 #include "inputdata.h"
  16 #include "groupmap.h"
  17 #include "readotu.h"
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  19
  20 /* The parselist() command:
  21         The parselist command is similar to the shared command.
  22         It parses a list file and separates it into groups.   It outputs a .list file for each group.
  23         The parselist command parameter options are listfile and groupfile.
  24         The parselist command should be in the following format: parselist(listfile=yourListFile, groupfile=yourGroupFile).
  25         The listfile parameter and groupfile paramater are required.  */
  26
  27 class GlobalData;
  28
  29 class ParseListCommand : public Command {
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  31 public:
  32         ParseListCommand();
  33         ~ParseListCommand();
  34         int execute();
  35
  36 private:
  37         GlobalData* globaldata;
  38         GroupMap* groupMap;
  39         InputData* input;
  40         ReadOTUFile* read;
  41         map<string, ofstream*> filehandles;
  42         map<string, SharedListVector*> groupOfLists;
  43         SharedListVector* list;
  44         map<string, string> listGroups; //maps group name to sequences from that group in a specific OTU
  45         map<string, string>::iterator it;
  46         map<string, SharedListVector*>::iterator it2;
  47         map<string, ofstream*>::iterator it3;
  48         void parse(int);
  49         string fileroot;
  50 };
  51
  52 #endif