orf.h

   1 //uchime by Robert C. Edgar http://drive5.com/uchime This code is donated to the public domain.\r
   2 \r
   3 #ifndef orf_h\r
   4 #define orf_h\r
   5 \r
   6 #include "alpha.h"\r
   7 \r
   8 struct ORFData\r
   9         {\r
  10         const byte *NucSeq;\r
  11         const byte *AminoSeq;\r
  12         int Frame;\r
  13         unsigned NucL;\r
  14         unsigned AminoL;\r
  15         unsigned NucLo;\r
  16         unsigned NucHi;\r
  17         ORFData *Next;\r
  18 \r
  19         unsigned GetNucPosFirstBase() const;\r
  20         unsigned GetAAPos(unsigned NucPos) const;\r
  21         unsigned GetCodex(unsigned NucPos) const;\r
  22         unsigned GetNucLo(unsigned AALo, unsigned AAHi) const;\r
  23         unsigned GetNucHi(unsigned AALo, unsigned AAHi) const;\r
  24         unsigned GetAALo(unsigned NucLo, unsigned NucHi) const;\r
  25         unsigned GetAAHi(unsigned NucLo, unsigned NucHi) const;\r
  26         unsigned GetNucPosFirstBaseInCodon(unsigned AAPos) const;\r
  27         unsigned GetNucPosLastBaseInCodon(unsigned AAPos) const;\r
  28         unsigned RoundToCodonLo(unsigned NucPos) const;\r
  29         unsigned RoundToCodonHi(unsigned NucPos) const;\r
  30         void LogMe() const;\r
  31         void LogMe2() const;\r
  32         };\r
  33 \r
  34 const byte ORFEND = '.';\r
  35 \r
  36 void GetORFs(const byte *NucSeq, unsigned NucL, vector<ORFData> &ORFs,\r
  37   unsigned ORFStyle, int FindFrame, int Sign);\r
  38 \r
  39 #endif // orf_h\r