optionparser.cpp

   1 /*
   2  *  optionparser.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 6/8/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "optionparser.h"
  11
  12 /***********************************************************************/
  13 void OptionParser::parse(string option, map<string, string>& container) {
  14         try {
  15
  16                 if (option != "") {
  17
  18                         string key, value;
  19                         //reads in parameters and values
  20                         while((option.find_first_of(',') != -1)) {  //while there are parameters
  21                                         splitAtComma(value, option);
  22                                         splitAtEquals(key, value);
  23                                         container[key] = value;
  24                         }
  25
  26                         //in case there is no comma and to get last parameter after comma
  27                         splitAtEquals(key, option);
  28                         container[key] = option;
  29                 }
  30         }
  31         catch(exception& e) {
  32                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the OptionParser class Function parse. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  33                 exit(1);
  34         }
  35         catch(...) {
  36                 cout << "An unknown error has occurred in the OptionParser class function parse. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  37                 exit(1);
  38         }
  39 }
  40 /***********************************************************************/