mothurmetastats.h

   1 #ifndef MOTHUR_METASTATS
   2 #define MOTHUR_METASTATS
   3
   4 /*
   5  *  mothurmetastats.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 7/6/11.
   9  *  Copyright 2011 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
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  14 #include "mothurout.h"
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  16 class MothurMetastats {
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  18         public:
  19                 MothurMetastats(double, int); //threshold, numPermutations
  20                 ~MothurMetastats();
  21
  22                 int runMetastats(string, vector< vector<double> >&, int); //outputFileName, data, secondGroupingStart
  23
  24         private:
  25                 MothurOut* m;
  26                 int row, column, numPermutations;
  27                 double threshold;
  28
  29                 int start(vector<double>&, int, vector<double>&, vector< vector<double> >&); //Find the initial values for the matrix
  30                 int meanvar(vector<double>&, int, vector<double>&);
  31                 int testp(vector<double>&, vector<double>&, vector<double>&, int, vector<double>&, vector<double>&);
  32                 int permute_matrix(vector<double>&, vector<double>&, int, vector<double>&, vector<double>&, vector<double>&);
  33                 int permute_array(vector<int>&);
  34                 int calc_twosample_ts(vector<double>&, int, vector<double>&, vector<double>&, vector<double>&);
  35 };
  36
  37 #endif
  38