globaldata.hpp

   1 #ifndef GLOBALDATA_HPP
   2 #define GLOBALDATA_HPP
   3
   4 #include "mothur.h"
   5 #include "groupmap.h"
   6 #include "treemap.h"
   7
   8 #include "rabundvector.hpp"
   9 #include "sabundvector.hpp"
  10 #include "listvector.hpp"
  11
  12
  13 using namespace std;
  14
  15 class ListVector;
  16 class SharedListVector;
  17 class SparseMatrix;
  18 class FullMatrix;
  19 class Tree;
  20 class OrderVector;
  21 class InputData;
  22 class GroupMap;
  23 class TreeMap;
  24 class SAbundVector;
  25 class RAbundVector;
  26 class SequenceDB;
  27
  28 class GlobalData {
  29 public:
  30         static GlobalData* getInstance();
  31         ListVector* gListVector;
  32         SparseMatrix* gSparseMatrix;
  33         InputData* ginput;
  34         OrderVector* gorder;
  35         ListVector* glist;
  36         vector<Tree*> gTree;
  37         SharedListVector* gSharedList;
  38         SAbundVector* sabund;
  39         RAbundVector* rabund;
  40         GroupMap* gGroupmap;
  41         FullMatrix* gMatrix;
  42         TreeMap* gTreemap;
  43         SequenceDB* gSequenceDB;
  44         string inputFileName, helpRequest, commandName, vertical, argv;
  45         bool allLines;
  46         vector<string>  Estimators, Groups; //holds estimators to be used
  47         set<int> lines; //hold lines to be used
  48         set<string> labels; //holds labels to be used
  49         vector<string> Treenames;
  50
  51         string getPhylipFile();
  52         string getColumnFile();
  53         string getListFile();
  54         string getRabundFile();
  55         string getSabundFile();
  56         string getNameFile();
  57         string getGroupFile();
  58         string getOrderFile();
  59         string getFastaFile();
  60         string getNexusFile();
  61         string getClustalFile();
  62         string getTreeFile();
  63         string getSharedFile();
  64         string getCutOff();
  65         string getFormat();
  66         string getPrecision();
  67         string getMethod();
  68         string getFileRoot();
  69         string getIters();
  70         string getJumble();
  71         string getFreq();
  72         string getAbund();
  73         string getRandomTree();
  74         string getGroups();
  75         string getStep();
  76         string getForm();
  77         string getSorted();
  78         string getCountEnds();
  79         string getProcessors();
  80         string getSize();
  81         string getCandidateFile();
  82         string getSearch();
  83         string getKSize();
  84         string getAlign();
  85         string getMatch();
  86         string getMismatch();
  87         string getGapopen();
  88         string getGapextend();
  89         string getVertical();
  90         string getTrump();
  91         string getSoft();
  92         string getHard();
  93         string getScale();
  94         string getStartPos();
  95         string getEndPos();
  96         string getMaxAmbig();
  97         string getMaxHomoPolymer();
  98         string getMinLength();
  99         string getMaxLength();
 100
 101         void setListFile(string);
 102         void setGroupFile(string file);
 103         void setPhylipFile(string);
 104         void setColumnFile(string);
 105         void setNameFile(string);
 106         void setRabundFile(string);
 107         void setSabundFile(string);
 108         void setSharedFile(string);
 109         void setFormat(string);
 110         void setRandomTree(string);
 111         void setGroups(string);
 112         void setCalc(string);
 113         void setCountEnds(string);
 114         void setProcessors(string);
 115
 116         void clear();
 117         void clearLabels();
 118         void clearAbund();
 119
 120         void parseGlobalData(string, string);
 121
 122         void parseTreeFile();   //parses through tree file to find names of nodes and number of them
 123                                                         //this is required in case user has sequences in the names file that are
 124                                                         //not included in the tree.
 125                                                         //only takes names from the first tree in the tree file and assumes that all trees use the same names.
 126
 127
 128 private:
 129
 130         string phylipfile, columnfile, listfile, rabundfile, sabundfile, namefile, groupfile, orderfile, fastafile, nexusfile, clustalfile, treefile, sharedfile, line, label, randomtree, groups, cutoff, format, precision, method, fileroot, iters, jumble, freq, calc, abund, step, form, sorted, trump, soft, hard, scale, countends, processors, candidatefile, search, ksize, align, match, size, mismatch, gapopen, gapextend, minLength, maxLength, startPos, endPos, maxAmbig, maxHomoPolymer;
 131
 132
 133         static GlobalData* _uniqueInstance;
 134         GlobalData( const GlobalData& ); // Disable copy constructor
 135         void operator=( const GlobalData& ); // Disable assignment operator
 136         GlobalData();
 137         ~GlobalData();
 138         void reset();   //clears all non filename parameters
 139         void readTreeString(ifstream&);
 140
 141
 142
 143 };
 144
 145 #endif