globaldata.hpp

   1 #ifndef GLOBALDATA_HPP
   2 #define GLOBALDATA_HPP
   3
   4 #include <string>
   5 #include <vector>
   6 #include <set>
   7 #include "groupmap.h"
   8 #include "treemap.h"
   9
  10 using namespace std;
  11
  12 class ListVector;
  13 class SharedListVector;
  14 class SparseMatrix;
  15 class Tree;
  16 class OrderVector;
  17 class InputData;
  18 class GroupMap;
  19 class TreeMap;
  20 class SAbundVector;
  21
  22 class GlobalData {
  23 public:
  24         static GlobalData* getInstance();
  25         ListVector* getListVector();
  26         SparseMatrix* getSparseMatrix();
  27         InputData* ginput;
  28         OrderVector* gorder;
  29         ListVector* glist;
  30         Tree* gTree;
  31         SharedListVector* gSharedList;
  32         SAbundVector* sabund;
  33         GroupMap* gGroupmap;
  34         TreeMap* gTreemap;
  35         string inputFileName, helpRequest, commandName;
  36         bool allLines;
  37         vector<string> singleEstimators, summaryEstimators, sharedEstimators, rareEstimators, sharedRareEstimators, sharedSummaryEstimators; //holds estimators to be used
  38         set<int> lines; //hold lines to be used
  39         set<string> labels; //holds labels to be used
  40
  41         string getPhylipFile();
  42         string getColumnFile();
  43         string getListFile();
  44         string getRabundFile();
  45         string getSabundFile();
  46         string getNameFile();
  47         string getGroupFile();
  48         string getOrderFile();
  49         string getFastaFile();
  50         string getTreeFile();
  51         string getCutOff();
  52         string getFormat();
  53         string getPrecision();
  54         string getMethod();
  55         string getFileRoot();
  56         string getIters();
  57         string getJumble();
  58         string getFreq();
  59         void setListFile(string);
  60         void setPhylipFile(string);
  61         void setColumnFile(string);
  62         void setNameFile(string);
  63         void setRabundFile(string);
  64         void setSabundFile(string);
  65         void setFormat(string);
  66
  67
  68         void setListVector(ListVector*);
  69         void setSparseMatrix(SparseMatrix*);
  70         void clear();
  71
  72         void parseGlobalData(string, string);
  73         void splitAtEquals(string&, string&);
  74         void splitAtComma(string&, string&);
  75         void splitAtDash(string&, vector<string>&);
  76         void splitAtDash(string&, set<int>&);
  77         void splitAtDash(string&, set<string>&);
  78
  79 private:
  80         string phylipfile, columnfile, listfile, rabundfile, sabundfile, namefile, groupfile, orderfile, fastafile, treefile, line, label;
  81         string cutoff, format, precision, method, fileroot, iters, jumble, freq, single, rarefaction, shared, summary, sharedsummary, sharedrarefaction;
  82         static GlobalData* _uniqueInstance;
  83         GlobalData( const GlobalData& ); // Disable copy constructor
  84         void operator=( const GlobalData& ); // Disable assignment operator
  85         GlobalData();
  86         ~GlobalData();
  87         ListVector* gListVector;
  88         SparseMatrix* gSparseMatrix;
  89
  90
  91 };
  92
  93 //**********************************************************************************************************************
  94
  95 #endif