globaldata.hpp

   1 #ifndef GLOBALDATA_HPP
   2 #define GLOBALDATA_HPP
   3
   4 #include <string>
   5 #include <vector>
   6 #include <set>
   7 #include "groupmap.h"
   8
   9 using namespace std;
  10
  11 class ListVector;
  12 class SparseMatrix;
  13 class OrderVector;
  14 class InputData;
  15 class GroupMap;
  16 class SAbundVector;
  17
  18 class GlobalData {
  19 public:
  20         static GlobalData* getInstance();
  21         ListVector* getListVector();
  22         SparseMatrix* getSparseMatrix();
  23         InputData* ginput;
  24         OrderVector* gorder;
  25         ListVector* glist;
  26         SAbundVector* sabund;
  27         GroupMap* gGroupmap;
  28         string inputFileName, helpRequest, commandName;
  29         bool allLines;
  30         vector<string> singleEstimators, summaryEstimators, sharedEstimators, rareEstimators, sharedRareEstimators, sharedSummaryEstimators; //holds estimators to be used
  31         set<int> lines; //hold lines to be used
  32         set<string> labels; //holds labels to be used
  33
  34         string getPhylipFile();
  35         string getColumnFile();
  36         string getListFile();
  37         string getRabundFile();
  38         string getSabundFile();
  39         string getNameFile();
  40         string getGroupFile();
  41         string getOrderFile();
  42         string getFastaFile();
  43         string getCutOff();
  44         string getFormat();
  45         string getPrecision();
  46         string getMethod();
  47         string getFileRoot();
  48         string getIters();
  49         string getJumble();
  50         string getFreq();
  51         void setListFile(string);
  52         void setPhylipFile(string);
  53         void setColumnFile(string);
  54         void setNameFile(string);
  55         void setRabundFile(string);
  56         void setSabundFile(string);
  57         void setFormat(string);
  58
  59
  60         void setListVector(ListVector*);
  61         void setSparseMatrix(SparseMatrix*);
  62         void clear();
  63
  64         void parseGlobalData(string, string);
  65         void splitAtEquals(string&, string&);
  66         void splitAtComma(string&, string&);
  67         void splitAtDash(string&, vector<string>&);
  68         void splitAtDash(string&, set<int>&);
  69         void splitAtDash(string&, set<string>&);
  70
  71 private:
  72         string phylipfile, columnfile, listfile, rabundfile, sabundfile, namefile, groupfile, orderfile, fastafile,line, label;
  73         string cutoff, format, precision, method, fileroot, iters, jumble, freq, single, rarefaction, shared, summary, sharedsummary, sharedrarefaction;
  74         static GlobalData* _uniqueInstance;
  75         GlobalData( const GlobalData& ); // Disable copy constructor
  76         void operator=( const GlobalData& ); // Disable assignment operator
  77         GlobalData();
  78         ~GlobalData();
  79         ListVector* gListVector;
  80         SparseMatrix* gSparseMatrix;
  81
  82 };
  83
  84 //**********************************************************************************************************************
  85
  86 #endif