globaldata.hpp

   1 #ifndef GLOBALDATA_HPP
   2 #define GLOBALDATA_HPP
   3
   4 #include <string>
   5 #include <vector>
   6 #include <set>
   7 #include <iostream>
   8 #include <iomanip>
   9 #include <map>
  10 #include <sstream>
  11 #include <stdexcept>
  12 #include <exception>
  13
  14 #include "groupmap.h"
  15 #include "treemap.h"
  16
  17 using namespace std;
  18
  19 class ListVector;
  20 class SharedListVector;
  21 class SparseMatrix;
  22 class Tree;
  23 class OrderVector;
  24 class InputData;
  25 class GroupMap;
  26 class TreeMap;
  27 class SAbundVector;
  28
  29 class GlobalData {
  30 public:
  31         static GlobalData* getInstance();
  32         ListVector* getListVector();
  33         SparseMatrix* getSparseMatrix();
  34         InputData* ginput;
  35         OrderVector* gorder;
  36         ListVector* glist;
  37         vector<Tree*> gTree;
  38         SharedListVector* gSharedList;
  39         SAbundVector* sabund;
  40         GroupMap* gGroupmap;
  41         TreeMap* gTreemap;
  42         string inputFileName, helpRequest, commandName;
  43         bool allLines;
  44         vector<string>  Estimators, Groups; //holds estimators to be used
  45         set<int> lines; //hold lines to be used
  46         set<string> labels; //holds labels to be used
  47
  48         string getPhylipFile();
  49         string getColumnFile();
  50         string getListFile();
  51         string getRabundFile();
  52         string getSabundFile();
  53         string getNameFile();
  54         string getGroupFile();
  55         string getOrderFile();
  56         string getFastaFile();
  57         string getTreeFile();
  58         string getSharedFile();
  59         string getCutOff();
  60         string getFormat();
  61         string getPrecision();
  62         string getMethod();
  63         string getFileRoot();
  64         string getIters();
  65         string getJumble();
  66         string getFreq();
  67         string getAbund();
  68         string getRandomTree();
  69
  70         void setListFile(string);
  71         void setPhylipFile(string);
  72         void setColumnFile(string);
  73         void setNameFile(string);
  74         void setRabundFile(string);
  75         void setSabundFile(string);
  76         void setFormat(string);
  77         void setRandomTree(string);
  78         void setCalc(string);
  79
  80
  81         void setListVector(ListVector*);
  82         void setSparseMatrix(SparseMatrix*);
  83         void clear();
  84         void clearLabels();
  85         void clearAbund();
  86
  87         void parseGlobalData(string, string);
  88
  89 private:
  90         string phylipfile, columnfile, listfile, rabundfile, sabundfile, namefile, groupfile, orderfile, fastafile, treefile, sharedfile, line, label, randomtree, groups;
  91         string cutoff, format, precision, method, fileroot, iters, jumble, freq, calc, abund;
  92
  93         static GlobalData* _uniqueInstance;
  94         GlobalData( const GlobalData& ); // Disable copy constructor
  95         void operator=( const GlobalData& ); // Disable assignment operator
  96         GlobalData();
  97         ~GlobalData();
  98         ListVector* gListVector;
  99         SparseMatrix* gSparseMatrix;
 100         void reset();   //clears all non filename parameters
 101
 102
 103
 104 };
 105
 106 #endif