globaldata.hpp

   1 #ifndef GLOBALDATA_HPP
   2 #define GLOBALDATA_HPP
   3
   4 #include "mothur.h"
   5 #include "groupmap.h"
   6 #include "treemap.h"
   7 #include "rabundvector.hpp"
   8 #include "sabundvector.hpp"
   9 #include "listvector.hpp"
  10
  11 class ListVector;
  12 class SharedListVector;
  13 class SparseMatrix;
  14 class FullMatrix;
  15 class Tree;
  16 class OrderVector;
  17 class InputData;
  18 class GroupMap;
  19 class TreeMap;
  20 class SAbundVector;
  21 class RAbundVector;
  22 class SequenceDB;
  23
  24 class GlobalData {
  25 public:
  26         static GlobalData* getInstance();
  27         ListVector* gListVector;
  28         SparseMatrix* gSparseMatrix;
  29         InputData* ginput;
  30         OrderVector* gorder;
  31         ListVector* glist;
  32         vector<Tree*> gTree;
  33         SharedListVector* gSharedList;
  34         SAbundVector* sabund;
  35         RAbundVector* rabund;
  36         GroupMap* gGroupmap;
  37         FullMatrix* gMatrix;
  38         TreeMap* gTreemap;
  39         SequenceDB* gSequenceDB;
  40         string inputFileName, argv;
  41         bool allLines, runParse;
  42         vector<string>  Estimators, Groups; //holds estimators to be used
  43         set<int> lines; //hold lines to be used
  44         set<string> labels; //holds labels to be used
  45         vector<string> Treenames;
  46
  47         string getPhylipFile();
  48         string getColumnFile();
  49         string getListFile();
  50         string getRabundFile();
  51         string getSabundFile();
  52         string getNameFile();
  53         string getGroupFile();
  54         string getOrderFile();
  55         string getFastaFile();
  56         string getTreeFile();
  57         string getSharedFile();
  58         string getFormat();
  59         string getCandidateFile();
  60
  61         void setListFile(string);
  62         void setFastaFile(string);
  63         void setTreeFile(string);
  64         void setCandidateFile(string);
  65         void setGroupFile(string);
  66         void setPhylipFile(string);
  67         void setColumnFile(string);
  68         void setNameFile(string);
  69         void setRabundFile(string);
  70         void setSabundFile(string);
  71         void setSharedFile(string);
  72         void setOrderFile(string file);
  73         void setFormat(string);
  74
  75         void clear();
  76         void clearLabels();
  77         void clearAbund();
  78
  79         void newRead();
  80
  81 private:
  82
  83         string phylipfile, columnfile, listfile, rabundfile, sabundfile, namefile, groupfile, orderfile, fastafile, treefile, sharedfile, format, candidatefile;
  84
  85         static GlobalData* _uniqueInstance;
  86         GlobalData( const GlobalData& ); // Disable copy constructor
  87         void operator=( const GlobalData& ); // Disable assignment operator
  88         GlobalData();
  89         ~GlobalData();
  90
  91
  92 };
  93
  94 #endif