globaldata.hpp

   1 #ifndef GLOBALDATA_HPP
   2 #define GLOBALDATA_HPP
   3
   4 #include "mothur.h"
   5 #include "groupmap.h"
   6 #include "treemap.h"
   7
   8 using namespace std;
   9
  10 class ListVector;
  11 class SharedListVector;
  12 class SparseMatrix;
  13 class FullMatrix;
  14 class Tree;
  15 class OrderVector;
  16 class InputData;
  17 class GroupMap;
  18 class TreeMap;
  19 class SAbundVector;
  20
  21 class GlobalData {
  22 public:
  23         static GlobalData* getInstance();
  24         ListVector* gListVector;
  25         SparseMatrix* gSparseMatrix;
  26         InputData* ginput;
  27         OrderVector* gorder;
  28         ListVector* glist;
  29         vector<Tree*> gTree;
  30         SharedListVector* gSharedList;
  31         SAbundVector* sabund;
  32         GroupMap* gGroupmap;
  33         FullMatrix* gMatrix;
  34         TreeMap* gTreemap;
  35         string inputFileName, helpRequest, commandName;
  36         bool allLines;
  37         vector<string>  Estimators, Groups; //holds estimators to be used
  38         set<int> lines; //hold lines to be used
  39         set<string> labels; //holds labels to be used
  40         vector<string> Treenames;
  41
  42         string getPhylipFile();
  43         string getColumnFile();
  44         string getListFile();
  45         string getRabundFile();
  46         string getSabundFile();
  47         string getNameFile();
  48         string getGroupFile();
  49         string getOrderFile();
  50         string getFastaFile();
  51         string getTreeFile();
  52         string getSharedFile();
  53         string getCutOff();
  54         string getFormat();
  55         string getPrecision();
  56         string getMethod();
  57         string getFileRoot();
  58         string getIters();
  59         string getJumble();
  60         string getFreq();
  61         string getAbund();
  62         string getRandomTree();
  63         string getGroups();
  64         string getStep();
  65         string getForm();
  66         string getSorted();
  67
  68         void setListFile(string);
  69         void setPhylipFile(string);
  70         void setColumnFile(string);
  71         void setNameFile(string);
  72         void setRabundFile(string);
  73         void setSabundFile(string);
  74         void setFormat(string);
  75         void setRandomTree(string);
  76         void setGroups(string);
  77         void setCalc(string);
  78
  79         void clear();
  80         void clearLabels();
  81         void clearAbund();
  82
  83         void parseGlobalData(string, string);
  84
  85         void parseTreeFile();           //parses through tree file to find names of nodes and number of them
  86                                                         //this is required in case user has sequences in the names file that are
  87                                                         //not included in the tree.
  88                                                         //only takes names from the first tree in the tree file and assumes that all trees use the same names.
  89
  90
  91 private:
  92         string phylipfile, columnfile, listfile, rabundfile, sabundfile, namefile, groupfile, orderfile, fastafile, treefile, sharedfile, line, label, randomtree, groups;
  93         string cutoff, format, precision, method, fileroot, iters, jumble, freq, calc, abund, step, form, sorted;
  94
  95         static GlobalData* _uniqueInstance;
  96         GlobalData( const GlobalData& ); // Disable copy constructor
  97         void operator=( const GlobalData& ); // Disable assignment operator
  98         GlobalData();
  99         ~GlobalData();
 100         void reset();   //clears all non filename parameters
 101         void readTreeString(ifstream&);
 102
 103
 104
 105 };
 106
 107 #endif