getlinecommand.cpp

   1 /*
   2  *  GetlineCommand.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Thomas Ryabin on 1/30/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "getlinecommand.h"
  11
  12 //**********************************************************************************************************************
  13 GetlineCommand::GetlineCommand(string option){
  14         try {
  15                 globaldata = GlobalData::getInstance();
  16                 abort = false;
  17
  18                 //allow user to run help
  19                 if(option == "help") { help(); abort = true; }
  20
  21                 else {
  22                         if (option != "") { cout << "There are no valid parameters for the get.line command." << endl; abort = true; }
  23
  24                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the get.line command." << endl; abort = true; }
  25                 }
  26
  27         }
  28         catch(exception& e) {
  29                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the GetlineCommand class Function GetlineCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  30                 exit(1);
  31         }
  32         catch(...) {
  33                 cout << "An unknown error has occurred in the GetlineCommand class function GetlineCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  34                 exit(1);
  35         }
  36
  37 }
  38 //**********************************************************************************************************************
  39
  40 void GetlineCommand::help(){
  41         try {
  42                 cout << "The get.line command can only be executed after a successful read.otu command." << "\n";
  43                 cout << "You may not use any parameters with the get.line command." << "\n";
  44                 cout << "The get.line command should be in the following format: " << "\n";
  45                 cout << "get.line()" << "\n";
  46                 cout << "Example get.line()." << "\n";
  47         }
  48         catch(exception& e) {
  49                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the GetlineCommand class Function help. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  50                 exit(1);
  51         }
  52         catch(...) {
  53                 cout << "An unknown error has occurred in the GetlineCommand class function help. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  54                 exit(1);
  55         }
  56 }
  57
  58 //**********************************************************************************************************************
  59
  60 GetlineCommand::~GetlineCommand(){
  61 }
  62
  63 //**********************************************************************************************************************
  64
  65 int GetlineCommand::execute(){
  66         try {
  67
  68                 if (abort == true) { return 0; }
  69
  70                 ifstream in;
  71                 openInputFile(globaldata->inputFileName, in);
  72                 string label;
  73                 int numBins = 0;
  74                 int count = -1;
  75                 int line = 1;
  76                 while(in.good()) {
  77                         if(count > numBins)
  78                                 count = 0;
  79                         if(count == 0) {
  80                                 cout << line << "\n";
  81                                 in >> numBins;
  82                                 line++;
  83                         }
  84                         in >> label;
  85                         count++;
  86                 }
  87
  88                 in.close();
  89                 return 0;
  90         }
  91
  92         catch(exception& e) {
  93                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the GetlineCommand class Function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  94                 exit(1);
  95         }
  96         catch(...) {
  97                 cout << "An unknown error has occurred in the GetlineCommand class function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  98                 exit(1);
  99         }
 100 }
 101
 102
 103