fullmatrix.h

   1 #ifndef FULLMATRIX_H
   2 #define FULLMATRIX_H
   3 /*
   4  *  fullmatrix.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 3/6/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "mothur.h"
  13 #include "groupmap.h"
  14 #include "globaldata.hpp"
  15 #include "progress.hpp"
  16
  17
  18 struct Names {
  19         string          seqName;
  20         string          groupName;
  21 };
  22
  23 class FullMatrix {
  24
  25 public:
  26         FullMatrix(){};
  27         FullMatrix(ifstream&);
  28         ~FullMatrix(){};
  29
  30         int getNumSeqs();
  31         vector<int> getSizes();
  32         vector<string> getGroups();
  33         void setGroups(vector<string> names) { groups = names;  }
  34         void setSizes(vector<int> s)             { sizes = s;           }
  35         int getNumGroups();
  36         void printMatrix(ostream&);
  37         float get(int, int);
  38
  39 private:
  40         vector< vector<float> > matrix;  //a 2D distance matrix of all the sequences and their distances to eachother.
  41         void readSquareMatrix(ifstream&);
  42         void readLTMatrix(ifstream&);
  43         vector<Names> index; // row in vector, sequence group.  need to know this so when we sort it can be updated.
  44         vector<int> sizes;
  45         vector<string> groups;
  46
  47         void sortGroups(int, int);  //this function sorts the sequences within the matrix.
  48         void swapRows(int, int);
  49
  50         GroupMap* groupmap;  //maps sequences to groups they belong to.
  51         int numSeqs;
  52         int numGroups;
  53         int numUserGroups;
  54         GlobalData* globaldata;
  55 };
  56
  57 #endif