fullmatrix.h

   1 #ifndef FULLMATRIX_H
   2 #define FULLMATRIX_H
   3 /*
   4  *  fullmatrix.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 3/6/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "mothur.h"
  13 #include "groupmap.h"
  14 #include "globaldata.hpp"
  15 #include "progress.hpp"
  16
  17 using namespace std;
  18
  19 struct Names {
  20         string          seqName;
  21         string          groupName;
  22 };
  23
  24 class FullMatrix {
  25
  26 public:
  27         FullMatrix(){};
  28         FullMatrix(ifstream&);
  29         ~FullMatrix(){};
  30
  31         int getNumSeqs();
  32         vector<int> getSizes();
  33         vector<string> getGroups();
  34         int getNumGroups();
  35         void printMatrix(ostream&);
  36         float get(int, int);
  37
  38 private:
  39         vector< vector<float> > matrix;  //a 2D distance matrix of all the sequences and their distances to eachother.
  40         void readSquareMatrix(ifstream&);
  41         void readLTMatrix(ifstream&);
  42         vector<Names> index; // row in vector, sequence group.  need to know this so when we sort it can be updated.
  43         vector<int> sizes;
  44         vector<string> groups;
  45         void sortGroups(int, int);  //this function sorts the sequences within the matrix.
  46
  47
  48         GroupMap* groupmap;  //maps sequences to groups they belong to.
  49         int numSeqs;
  50         int numGroups;
  51         int numUserGroups;
  52         GlobalData* globaldata;
  53 };
  54
  55 #endif