filterseqscommand.h

   1 #ifndef FILTERSEQSCOMMAND_H\r
   2 #define FILTERSEQSCOMMAND_H\r
   3 \r
   4 /*\r
   5  *  filterseqscommand.h\r
   6  *  Mothur\r
   7  *\r
   8  *  Created by Thomas Ryabin on 5/4/09.\r
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.\r
  10  *\r
  11  */\r
  12 \r
  13 #include "command.hpp"\r
  14 #include "filters.h"\r
  15 \r
  16 class Sequence;\r
  17 class FilterSeqsCommand : public Command {\r
  18 \r
  19 public:\r
  20         FilterSeqsCommand(string);\r
  21         FilterSeqsCommand();\r
  22         ~FilterSeqsCommand() {};\r
  23         vector<string> getRequiredParameters();\r
  24         vector<string> getValidParameters();\r
  25         vector<string> getRequiredFiles();\r
  26         map<string, vector<string> > getOutputFiles() { return outputTypes; }\r
  27         int execute();  \r
  28         void help();\r
  29         \r
  30 private:\r
  31         struct linePair {\r
  32                 unsigned long int start;\r
  33                 unsigned long int end;\r
  34                 linePair(unsigned long int i, unsigned long int j) : start(i), end(j) {}\r
  35         };\r
  36 \r
  37         vector<linePair*> lines;\r
  38         vector<int> processIDS;\r
  39 \r
  40         string vertical, filter, fasta, hard, outputDir, filterFileName;\r
  41         vector<string> fastafileNames;  \r
  42         int alignmentLength, processors;\r
  43         vector<int> bufferSizes;\r
  44         vector<string> outputNames;\r
  45         map<string, vector<string> > outputTypes;\r
  46 \r
  47         char trump;\r
  48         bool abort;\r
  49         float soft;\r
  50         int numSeqs;\r
  51         \r
  52         string createFilter();\r
  53         int filterSequences();\r
  54         int createProcessesCreateFilter(Filters&, string);\r
  55         int createProcessesRunFilter(string, string);\r
  56         int driverRunFilter(string, string, string, linePair*);\r
  57         int driverCreateFilter(Filters& F, string filename, linePair* line);\r
  58         #ifdef USE_MPI\r
  59         int driverMPIRun(int, int, MPI_File&, MPI_File&, vector<unsigned long int>&);\r
  60         int MPICreateFilter(int, int, Filters&, MPI_File&, vector<unsigned long int>&); \r
  61         #endif\r
  62         \r
  63 };\r
  64 \r
  65 #endif\r