errorchecking.cpp

   1 /*
   2  *  errorchecking.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/2/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "errorchecking.h"
  11
  12 /*******************************************************/
  13
  14 /******************************************************/
  15
  16 ErrorCheck::ErrorCheck() {
  17         globaldata = GlobalData::getInstance();
  18         validCommand = new ValidCommands();
  19         validParameter = new ValidParameters();
  20 }
  21 /*******************************************************/
  22
  23 /******************************************************/
  24
  25 void ErrorCheck::refresh() {
  26
  27         //columnfile = globaldata->getColumnFile();
  28         //phylipfile = globaldata->getPhylipFile();
  29         //listfile = globaldata->getListFile();
  30         //rabundfile = globaldata->getRabundFile();
  31         //sabundfile = globaldata->getSabundFile();
  32         //namefile = globaldata->getNameFile();
  33         //groupfile = globaldata->getGroupFile();
  34         //orderfile = globaldata->getOrderFile();
  35         //fastafile = globaldata->getFastaFile();
  36         //treefile = globaldata->getTreeFile();
  37         //cutoff = globaldata->getCutOff();
  38         //format = globaldata->getFormat();
  39         //method = globaldata->getMethod();
  40         //randomtree = globaldata->getRandomTree();
  41         //sharedfile = globaldata->getSharedFile();
  42
  43 }
  44
  45 /*******************************************************/
  46
  47 /******************************************************/
  48
  49 ErrorCheck::~ErrorCheck() {
  50         delete validCommand;
  51         delete validParameter;
  52 }
  53
  54 /*******************************************************/
  55
  56 /******************************************************/
  57
  58 bool ErrorCheck::checkInput(string input) {
  59                 errorFree = true;
  60                 clear();
  61
  62                 //refresh variable
  63                 refresh();
  64
  65                 //get command name and parameters
  66                 int openParen = input.find_first_of('(');
  67                 int closeParen = input.find_last_of(')');
  68
  69                 if(openParen != -1 && closeParen != -1){
  70                         commandName = input.substr(0, openParen);   //commandName contains everything before "("
  71                         optionText = input.substr(openParen+1, closeParen-openParen-1); //optionString contains everything between "(" and ")".
  72                 }else if (openParen == -1) { //there is no parenthesis
  73                         cout << input << " is not a valid command. You are missing the ()." << endl;
  74                         return false;
  75                 }
  76
  77                 //is it a valid command
  78                 if (validCommand->isValidCommand(commandName) != true) { return false; }
  79                 string parameter, value;
  80
  81                 //reads in parameters and values
  82                 if((optionText != "") && (commandName != "help")){
  83                         while((optionText.find_first_of(',') != -1) && (errorFree)) {  //while there are parameters
  84                                 splitAtComma(value, optionText);
  85                                 splitAtEquals(parameter, value);
  86
  87                                 //is it a valid parameter
  88                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
  89
  90                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
  91                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
  92                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
  93                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
  94                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
  95                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
  96                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
  97                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
  98                                 if (parameter == "nexus" )              { nexusfile = value; }
  99                                 if (parameter == "clustal" )    { clustalfile = value; }
 100                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
 101                                 if (parameter == "group" )                      { groupfile = value; }
 102                                 if (parameter == "shared" )                     { sharedfile = value; }
 103                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 104                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 105                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 106                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 107                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 108                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 109                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 110                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 111                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 112                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 113                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value; }
 114                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value; }
 115                                 if (parameter == "trump" )          { trump = value; }
 116                                 if (parameter == "soft" )                       { soft = value; }
 117                                 if (parameter == "filter" )         { filter = value; }
 118                                 if (parameter == "scale" )                      { scale = value;        }
 119                                 if (parameter == "ends" )                       { ends = value; }
 120                                 if (parameter == "processors" )         { processors = value;   }
 121                                 if (parameter == "size" )                       { size = value; }
 122                                 if (parameter == "template")            { templatefile = value; }
 123                                 if (parameter == "search")                      { search = value;               }
 124                                 if (parameter == "ksize")                       { ksize = value;                }
 125                                 if (parameter == "align")                   { align = value;            }
 126                                 if (parameter == "match")                       { match = value;                }
 127                                 if (parameter == "mismatch")            { mismatch = value;         }
 128                                 if (parameter == "gapopen")                     { gapopen = value;              }
 129                                 if (parameter == "gapextend" )          { gapextend = value;    }
 130                         }
 131
 132                         //gets the last parameter and value
 133                         if (errorFree)  { //gets the last parameter and value
 134                                 value = optionText;
 135                                 splitAtEquals(parameter, value);
 136                                 //is it a valid parameter
 137                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
 138
 139
 140                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
 141                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
 142                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
 143                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
 144                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
 145                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
 146                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
 147                                 if (parameter == "group" )              { groupfile = value; }
 148                                 if (parameter == "shared" )             { sharedfile = value; }
 149                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
 150                                 if (parameter == "nexus" )              { nexusfile = value; }
 151                                 if (parameter == "clustal" )    { clustalfile = value; }
 152                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
 153                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 154                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 155                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 156                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 157                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 158                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 159                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 160                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 161                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 162                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value;   }
 163                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 164                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value;       }
 165                                 if (parameter == "trump" )          { trump = value; }
 166                                 if (parameter == "soft" )                       { soft = value; }
 167                                 if (parameter == "filter" )         { filter = value; }
 168                                 if (parameter == "scale" )                      { scale = value;        }
 169                                 if (parameter == "ends" )                       { ends = value; }
 170                                 if (parameter == "processors" )         { processors = value;   }
 171                                 if (parameter == "size" )                       { size = value; }
 172                                 if (parameter == "template")            { templatefile = value; }
 173                                 if (parameter == "search")                      { search = value;               }
 174                                 if (parameter == "ksize")                       { ksize = value;                }
 175                                 if (parameter == "align")                   { align = value;            }
 176                                 if (parameter == "match")                       { match = value;                }
 177                                 if (parameter == "mismatch")            { mismatch = value;         }
 178                                 if (parameter == "gapopen")                     { gapopen = value;              }
 179                                 if (parameter == "gapextend" )          { gapextend = value;    }
 180
 181                         }
 182                 }
 183
 184                 //make sure the user does not use both the line and label parameters
 185                 if ((line != "") && (label != "")) { cout << "You may use either the line or label parameters, but not both." << endl; return false; }
 186
 187                 //check for valid files
 188                 if (commandName == "read.dist") {
 189                         validateReadFiles();
 190                         validateReadDist();
 191                 }else if (commandName == "read.otu") {
 192                         //you want to do shared commands
 193                         if ((listfile != "") && (groupfile != ""))      {
 194                                 validateParseFiles(); //checks the listfile and groupfile parameters
 195                         //you want to do single commands
 196                         }else if ((listfile != "") || (rabundfile != "") || (sabundfile != "")){
 197                                 validateReadFiles();
 198                                 validateReadPhil();
 199                         //you have not given a file
 200                         }else if ((listfile == "") && (sharedfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "")) {
 201                                 cout << "You must enter either a listfile, rabundfile, sabundfile or a sharedfile with the read.otu command. " << endl; return false;
 202                         //you want to do shared commands with a shared file
 203                         }else if (sharedfile != "") {//you are reading a shared file
 204                                 validateReadFiles();
 205                         }
 206                 }else if (commandName == "read.tree") {
 207                         validateTreeFiles(); //checks the treefile and groupfile parameters
 208                 }else if (commandName == "deconvolute") {
 209                         if (fastafile == "") { cout << "You must enter a fastafile with the deconvolute() command." << endl; return false; }
 210                         validateReadFiles();
 211                 }
 212
 213                 //are you trying to cluster before you have read something
 214                 if (((commandName == "cluster") && (globaldata->gSparseMatrix == NULL)) ||
 215                         ((commandName == "cluster") && (globaldata->gListVector == NULL))) {
 216                                 cout << "Before you use the cluster command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 217                                 errorFree = false;
 218                 }
 219
 220                 if ((commandName == "libshuff") && ((globaldata->gMatrix == NULL) || (globaldata->gGroupmap == NULL))) {
 221                          cout << "You must read in a matrix and groupfile using the read.dist command, before you use the libshuff command. " << endl; return false;
 222                 }
 223
 224                 if (commandName == "parsimony") {
 225                         //are you trying to use parsimony without reading a tree or saying you want random distribution
 226                         if (randomtree == "")  {
 227                                 if (globaldata->gTree.size() == 0) {
 228                                         cout << "You must read a treefile and a groupfile or set the randomtree parameter to the output filename you wish, before you may execute the parsimony command." << endl; return false;  }
 229                         }
 230                 }
 231
 232                 if ((commandName == "unifrac.weighted") || (commandName == "unifrac.unweighted") || (commandName == "concensus")) {
 233                         if (globaldata->gTree.size() == 0) {//no trees were read
 234                                 cout << "You must execute the read.tree command, before you may execute the unifrac.weighted, unifrac.unweighted or concensus command." << endl; return false;  }
 235                 }
 236
 237                 //check for valid method
 238                 if(commandName == "get.group") {
 239                         if ((globaldata->getGroupFile() == "")) { cout << "You must read a group before you can use the get.group command." << endl; return false; }
 240                 }
 241                 if (commandName == "get.label" || commandName == "get.line") {
 242                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the get.label or get.line command." << endl; return false; }
 243                 }
 244                 if (commandName == "cluster") {
 245                         if ((method == "furthest") || (method == "nearest") || (method == "average")) { }
 246                         else {cout << "Not a valid clustering method.  Valid clustering algorithms are furthest, nearest or average." << endl; return false; }
 247                 }
 248
 249                 if ((commandName == "collect.single") || (commandName == "rarefaction.single") || (commandName == "summary.single") ){
 250                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the collect.single, rarefaction.single or summary.single commands." << endl; return false; }
 251                 }
 252
 253                 if ((commandName == "collect.shared") || (commandName == "rarefaction.shared") || (commandName == "summary.shared") || (commandName == "tree.shared") || (commandName == "bootstrap.shared") || (commandName == "dist.shared")){
 254                         if (globaldata->getSharedFile() == "") {
 255                                 if (globaldata->getListFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared, summary.shared, tree.shared, bootstrap.shared or dist.shared commands." << endl; return false; }
 256                                 else if (globaldata->getGroupFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared, summary.shared, tree.shared, bootstrap.shared or dist.shared commands." << endl; return false; }
 257                         }
 258                 }
 259
 260                 if ((commandName == "heatmap") || (commandName == "venn")) {
 261                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getSharedFile() == "")) {
 262                                  cout << "You must read a list, or a list and a group, or a shared before you can use the heatmap or venn commands." << endl; return false;
 263                         }
 264                 }
 265
 266                 if ((commandName == "filter.seqs") || (commandName == "dist.seqs") || (commandName == "align.seqs")) {
 267                         if ((fastafile == "") && (nexusfile == "") && (clustalfile == "") && (phylipfile == "")) {
 268                                  cout << "You must enter either a fasta, nexus, clustal, or phylip file before you can use the filter.seqs, dist.seqs or align.seqs command." << endl; return false;
 269                         }else if ((commandName == "align.seqs") && (templatefile == "")) {
 270                                 cout << "You must enter a template to use the align.seqs command." << endl; return false;
 271                         }
 272                         validateSeqsFiles();
 273                 }
 274
 275                 if ((commandName == "bin.seqs")) {
 276                         if ((globaldata->getListFile() == "")) { cout << "You must read a list file before you can use the bin.seqs commands." << endl; return false; }
 277                         validateBinFiles();
 278                 }
 279
 280
 281                 if ((commandName == "get.oturep")) {
 282                         if ((globaldata->gSparseMatrix == NULL) || (globaldata->gListVector == NULL)) {
 283                                 cout << "Before you use the get.oturep command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 284                                 errorFree = false;
 285                         }
 286                         if (listfile == "") { cout << "list is a required parameter for the get.oturep command." << endl; errorFree = false; }
 287                         validateBinFiles();
 288                 }
 289
 290
 291                 return errorFree;
 292 }
 293
 294 /*******************************************************/
 295
 296 /******************************************************/
 297 //This function checks to make sure the user entered a file to
 298 // read and that the file exists and can be opened.
 299 void ErrorCheck::validateReadFiles() {
 300         try {
 301                 //Validating files for read
 302                 ifstream filehandle;
 303                 int ableToOpen;
 304
 305                 //are we reading a phylipfile
 306                 if (phylipfile != "") {
 307                         ableToOpen = openInputFile(phylipfile, filehandle);
 308                         filehandle.close();
 309                         //unable to open
 310                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 311                         else { globaldata->inputFileName = phylipfile; }
 312                 //are we reading a columnfile
 313                 }else if (columnfile != "") {
 314                         ableToOpen = openInputFile(columnfile, filehandle);
 315                         filehandle.close();
 316                         //unable to open
 317                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 318                         else { globaldata->inputFileName = columnfile; }
 319                 //are we reading a listfile
 320                 }else if (listfile!= "") {
 321                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 322                         filehandle.close();
 323                         //unable to open
 324                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 325                         else { globaldata->inputFileName = listfile; }
 326                 //are we reading a rabundfile
 327                 }else if (rabundfile != "") {
 328                         ableToOpen = openInputFile(rabundfile, filehandle);
 329                         filehandle.close();
 330                         //unable to open
 331                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 332                         else { globaldata->inputFileName = rabundfile; }
 333                 //are we reading a sabundfile
 334                 }else if (sabundfile != "") {
 335                         ableToOpen = openInputFile(sabundfile, filehandle);
 336                         filehandle.close();
 337                         //unable to open
 338                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 339                         else { globaldata->inputFileName = sabundfile; }
 340                 }else if (fastafile != "") {
 341                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 342                         filehandle.close();
 343                         //unable to open
 344                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 345                         else { globaldata->inputFileName = fastafile; }
 346                 }else if (sharedfile != "") {
 347                         ableToOpen = openInputFile(sharedfile, filehandle);
 348                         filehandle.close();
 349                         //unable to open
 350                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 351                         else { globaldata->inputFileName = sharedfile; }
 352                 }else{ //no file given
 353                         errorFree = false;
 354                 }
 355         }
 356         catch(exception& e) {
 357                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 358                 exit(1);
 359         }
 360         catch(...) {
 361                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 362                 exit(1);
 363         }
 364
 365 }
 366 /*******************************************************/
 367
 368 /******************************************************/
 369 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 370 // format parameters on a distfile read
 371 void ErrorCheck::validateReadDist() {
 372         try {
 373                 ifstream filehandle;
 374                 int ableToOpen;
 375
 376                 if (groupfile != "") {
 377                         ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 378                         filehandle.close();
 379                         //unable to open
 380                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 381                 }
 382
 383                 if ((phylipfile == "") && (columnfile == "")) { cout << "When executing a read.dist you must enter a phylip or a column." << endl; errorFree = false; }
 384                 else if ((phylipfile != "") && (columnfile != "")) { cout << "When executing a read.dist you must enter ONLY ONE of the following: phylip or column." << endl; errorFree = false; }
 385
 386                 if (columnfile != "") {
 387                         if (namefile == "") {
 388                                 cout << "You need to provide a namefile if you are going to use the column format." << endl;
 389                                 errorFree = false;
 390                         }else {
 391                                 ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 392                                 filehandle.close();
 393                                 //unable to open
 394                                 if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 395                         }
 396                 }
 397         }
 398         catch(exception& e) {
 399                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 400                 exit(1);
 401         }
 402         catch(...) {
 403                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 404                 exit(1);
 405         }
 406 }
 407 /*******************************************************/
 408
 409 /******************************************************/
 410 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 411 // format parameters on a parselistcommand
 412 void ErrorCheck::validateParseFiles() {
 413         try {
 414                 ifstream filehandle;
 415                 int ableToOpen;
 416
 417                 //checks for valid files
 418
 419                 if (listfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 420                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 421
 422                 //checks parameters on the read command
 423                 if (listfile != "") {
 424                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 425                         filehandle.close();
 426                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 427                                 errorFree = false;
 428                         }
 429                         if (groupfile != "") {
 430                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 431                                 filehandle.close();
 432                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 433                                         errorFree = false;;
 434                                 }
 435                         }
 436                 }
 437         }
 438         catch(exception& e) {
 439                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 440                 exit(1);
 441         }
 442         catch(...) {
 443                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 444                 exit(1);
 445         }
 446 }
 447 /*******************************************************/
 448
 449 /******************************************************/
 450 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 451 // format parameters on a parselistcommand
 452 void ErrorCheck::validateTreeFiles() {
 453         try {
 454                 ifstream filehandle;
 455                 int ableToOpen;
 456
 457                 //checks for valid files
 458
 459                 if (treefile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 460                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 461
 462                 //checks parameters on the read command
 463                 if (treefile != "") {
 464                         ableToOpen = openInputFile(treefile, filehandle);
 465                         filehandle.close();
 466                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 467                                 errorFree = false;
 468                         }
 469                         if (groupfile != "") {
 470                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 471                                 filehandle.close();
 472                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 473                                         errorFree = false;;
 474                                 }
 475                         }
 476                 }
 477         }
 478         catch(exception& e) {
 479                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 480                 exit(1);
 481         }
 482         catch(...) {
 483                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 484                 exit(1);
 485         }
 486 }
 487
 488 /*******************************************************/
 489
 490 /******************************************************/
 491 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 492 // format parameters on a distfile read
 493 void ErrorCheck::validateReadPhil() {
 494         try {
 495                 ifstream filehandle;
 496                 int ableToOpen;
 497
 498                 //checks to make sure only one file type is given
 499                 if (listfile != "") {
 500                         if ((rabundfile != "") || (sabundfile != "")) {
 501                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 502                 }else if (rabundfile != "") {
 503                         if ((listfile != "") || (sabundfile != "")) {
 504                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 505                 }else if (sabundfile != "") {
 506                         if ((listfile != "") || (rabundfile != "")) {
 507                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 508                 }else if ((listfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "") && (sharedfile == "")) {
 509                             cout << "When executing a read.otu you must enter one of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false;
 510                 }
 511
 512                 //checks parameters on the read command
 513                 if (orderfile != "") {
 514                         ableToOpen = openInputFile(orderfile, filehandle);
 515                         filehandle.close();
 516                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 517                                 errorFree = false;
 518                         }
 519                 }
 520         }
 521         catch(exception& e) {
 522                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 523                 exit(1);
 524         }
 525         catch(...) {
 526                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 527                 exit(1);
 528         }
 529 }
 530 /*******************************************************/
 531
 532 /******************************************************/
 533 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 534 // format parameters on a distfile read
 535 void ErrorCheck::validateSeqsFiles() {
 536         try {
 537                 ifstream filehandle;
 538                 int ableToOpen;
 539
 540                 //checks to make sure only one file type is given
 541                 if (phylipfile != "") {
 542                         if ((nexusfile != "") || (fastafile != "") || (clustalfile != "")) {
 543                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 544                         else {
 545                                 ableToOpen = openInputFile(phylipfile, filehandle);
 546                                 filehandle.close();
 547                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 548                                         errorFree = false;
 549                                 }
 550                         }
 551                 }else if (nexusfile != "") {
 552                         if ((phylipfile != "") || (fastafile != "") || (clustalfile != "")) {
 553                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 554                         else {
 555                                 ableToOpen = openInputFile(nexusfile, filehandle);
 556                                 filehandle.close();
 557                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 558                                         errorFree = false;
 559                                 }
 560                         }
 561                 }else if (fastafile != "") {
 562                         if ((phylipfile != "") || (nexusfile != "") || (clustalfile != "")) {
 563                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 564                         else {
 565                                 ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 566                                 filehandle.close();
 567                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 568                                         errorFree = false;
 569                                 }
 570                         }
 571                 }else if (clustalfile != "") {
 572                         if ((phylipfile != "") || (nexusfile != "") || (fastafile != "")) {
 573                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 574                         else {
 575                                 ableToOpen = openInputFile(clustalfile, filehandle);
 576                                 filehandle.close();
 577                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 578                                         errorFree = false;
 579                                 }
 580                         }
 581                 }else if (templatefile != "") {
 582                         ableToOpen = openInputFile(templatefile, filehandle);
 583                         filehandle.close();
 584                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 585                                 errorFree = false;
 586                         }
 587                 }
 588
 589
 590         }
 591         catch(exception& e) {
 592                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateSeqsFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 593                 exit(1);
 594         }
 595         catch(...) {
 596                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateSeqsFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 597                 exit(1);
 598         }
 599 }
 600
 601 /*******************************************************/
 602
 603 /******************************************************/
 604 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 605 // format parameters on a bin.seq command
 606 void ErrorCheck::validateBinFiles() {
 607         try {
 608                 ifstream filehandle;
 609                 int ableToOpen;
 610
 611                 if (fastafile == "") {
 612                                 cout << "fasta is a required parameter for bin.seqs, get.oturep and get.repseqs commands." << endl; errorFree = false;
 613                 }else if (fastafile != "") {
 614                         //is it a valid filename'
 615                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 616                         filehandle.close();
 617                         //unable to open
 618                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 619                 }else if (listfile != "") {
 620                         //is it a valid filename'
 621                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 622                         filehandle.close();
 623                         //unable to open
 624                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 625                 }else if (globaldata->getNameFile() != "") {
 626                         //is it a valid filename'
 627                         ifstream filehandle;
 628                         int ableToOpen = openInputFile(globaldata->getNameFile(), filehandle);
 629                         filehandle.close();
 630                         //unable to open
 631                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 632                 }else if (namefile != "") {
 633                         //is it a valid filename'
 634                         ifstream filehandle;
 635                         int ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 636                         filehandle.close();
 637                         //unable to open
 638                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 639                 }else if (groupfile != "") {
 640                         //is it a valid filename'
 641                         ifstream filehandle;
 642                         int ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 643                         filehandle.close();
 644                         //unable to open
 645                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 646                 }
 647
 648
 649
 650         }
 651         catch(exception& e) {
 652                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 653                 exit(1);
 654         }
 655         catch(...) {
 656                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 657                 exit(1);
 658         }
 659 }
 660
 661 /*******************************************************/
 662
 663 /******************************************************/
 664
 665 void ErrorCheck::clear() {
 666         //option definitions should go here...
 667         phylipfile              =       "";
 668         columnfile              =       "";
 669         listfile                =       "";
 670         rabundfile              =       "";
 671         sabundfile              =       "";
 672         namefile                =       "";
 673         groupfile               =       "";
 674         orderfile               =       "";
 675         sharedfile              =       "";
 676         fastafile       =   "";
 677         nexusfile       =   "";
 678         clustalfile     =   "";
 679         templatefile    =       "";
 680         line                    =       "";
 681         label                   =       "";
 682         method                  =   "furthest";
 683 }
 684 /*******************************************************/
 685
 686 /******************************************************/
 687