errorchecking.cpp

   1 /*
   2  *  errorchecking.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/2/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "errorchecking.h"
  11
  12 /*******************************************************/
  13
  14 /******************************************************/
  15
  16 ErrorCheck::ErrorCheck() {
  17         globaldata = GlobalData::getInstance();
  18         validCommand = new ValidCommands();
  19         validParameter = new ValidParameters();
  20 }
  21 /*******************************************************/
  22
  23 /******************************************************/
  24
  25 void ErrorCheck::refresh() {
  26
  27         //columnfile = globaldata->getColumnFile();
  28         //phylipfile = globaldata->getPhylipFile();
  29         //listfile = globaldata->getListFile();
  30         //rabundfile = globaldata->getRabundFile();
  31         //sabundfile = globaldata->getSabundFile();
  32         //namefile = globaldata->getNameFile();
  33         //groupfile = globaldata->getGroupFile();
  34         //orderfile = globaldata->getOrderFile();
  35         //fastafile = globaldata->getFastaFile();
  36         //treefile = globaldata->getTreeFile();
  37         //cutoff = globaldata->getCutOff();
  38         //format = globaldata->getFormat();
  39         //method = globaldata->getMethod();
  40         //randomtree = globaldata->getRandomTree();
  41         //sharedfile = globaldata->getSharedFile();
  42
  43 }
  44
  45 /*******************************************************/
  46
  47 /******************************************************/
  48
  49 ErrorCheck::~ErrorCheck() {
  50         delete validCommand;
  51         delete validParameter;
  52 }
  53
  54 /*******************************************************/
  55
  56 /******************************************************/
  57
  58 bool ErrorCheck::checkInput(string input) {
  59                 errorFree = true;
  60                 clear();
  61
  62                 //refresh variable
  63                 refresh();
  64
  65                 //get command name and parameters
  66                 int openParen = input.find_first_of('(');
  67                 int closeParen = input.find_last_of(')');
  68
  69                 if(openParen != -1 && closeParen != -1){
  70                         commandName = input.substr(0, openParen);   //commandName contains everything before "("
  71                         optionText = input.substr(openParen+1, closeParen-openParen-1); //optionString contains everything between "(" and ")".
  72                 }else if (openParen == -1) { //there is no parenthesis
  73                         cout << input << " is not a valid command. You are missing the ()." << endl;
  74                         return false;
  75                 }
  76
  77                 //is it a valid command
  78                 if (validCommand->isValidCommand(commandName) != true) { return false; }
  79                 string parameter, value;
  80
  81                 //reads in parameters and values
  82                 if((optionText != "") && (commandName != "help")){
  83                         while((optionText.find_first_of(',') != -1) && (errorFree)) {  //while there are parameters
  84                                 splitAtComma(value, optionText);
  85                                 splitAtEquals(parameter, value);
  86
  87                                 //is it a valid parameter
  88                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
  89
  90                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
  91                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
  92                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
  93                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
  94                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
  95                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
  96                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
  97                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
  98                                 if (parameter == "nexus" )              { nexusfile = value; }
  99                                 if (parameter == "clustal" )    { clustalfile = value; }
 100                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
 101                                 if (parameter == "group" )                      { groupfile = value; }
 102                                 if (parameter == "shared" )                     { sharedfile = value; }
 103                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 104                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 105                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 106                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 107                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 108                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 109                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 110                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 111                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 112                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 113                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value; }
 114                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value; }
 115                                 if (parameter == "trump" )          { trump = value; }
 116                                 if (parameter == "soft" )                       { soft = value; }
 117                                 if (parameter == "filter" )         { filter = value; }
 118                                 if (parameter == "scale" )                      { scale = value;        }
 119
 120                         }
 121
 122                         //gets the last parameter and value
 123                         if (errorFree)  { //gets the last parameter and value
 124                                 value = optionText;
 125                                 splitAtEquals(parameter, value);
 126                                 //is it a valid parameter
 127                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
 128
 129
 130                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
 131                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
 132                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
 133                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
 134                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
 135                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
 136                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
 137                                 if (parameter == "group" )              { groupfile = value; }
 138                                 if (parameter == "shared" )             { sharedfile = value; }
 139                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
 140                                 if (parameter == "nexus" )              { nexusfile = value; }
 141                                 if (parameter == "clustal" )    { clustalfile = value; }
 142                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
 143                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 144                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 145                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 146                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 147                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 148                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 149                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 150                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 151                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 152                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value;   }
 153                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 154                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value;       }
 155                                 if (parameter == "trump" )          { trump = value; }
 156                                 if (parameter == "soft" )                       { soft = value; }
 157                                 if (parameter == "filter" )         { filter = value; }
 158                                 if (parameter == "scale" )                      { scale = value;        }
 159
 160                         }
 161                 }
 162
 163                 //make sure the user does not use both the line and label parameters
 164                 if ((line != "") && (label != "")) { cout << "You may use either the line or label parameters, but not both." << endl; return false; }
 165
 166                 //check for valid files
 167                 if (commandName == "read.dist") {
 168                         validateReadFiles();
 169                         validateReadDist();
 170                 }else if (commandName == "read.otu") {
 171                         //you want to do shared commands
 172                         if ((listfile != "") && (groupfile != ""))      {
 173                                 validateParseFiles(); //checks the listfile and groupfile parameters
 174                         //you want to do single commands
 175                         }else if ((listfile != "") || (rabundfile != "") || (sabundfile != "")){
 176                                 validateReadFiles();
 177                                 validateReadPhil();
 178                         //you have not given a file
 179                         }else if ((listfile == "") && (sharedfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "")) {
 180                                 cout << "You must enter either a listfile, rabundfile, sabundfile or a sharedfile with the read.otu command. " << endl; return false;
 181                         //you want to do shared commands with a shared file
 182                         }else if (sharedfile != "") {//you are reading a shared file
 183                                 validateReadFiles();
 184                         }
 185                 }else if (commandName == "read.tree") {
 186                         validateTreeFiles(); //checks the treefile and groupfile parameters
 187                 }else if (commandName == "read.seqs") {
 188                         if ((fastafile == "") && (nexusfile == "") && (clustalfile == "") && (phylipfile == "")) { cout << "You must enter a fastafile, nexusfile, or clustalfile with the read.seqs() command." << endl; return false; }
 189                 }else if (commandName == "deconvolute") {
 190                         if (fastafile == "") { cout << "You must enter a fastafile with the deconvolute() command." << endl; return false; }
 191                         validateReadFiles();
 192                 }
 193
 194                 //are you trying to cluster before you have read something
 195                 if (((commandName == "cluster") && (globaldata->gSparseMatrix == NULL)) ||
 196                         ((commandName == "cluster") && (globaldata->gListVector == NULL))) {
 197                                 cout << "Before you use the cluster command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 198                                 errorFree = false;
 199                 }
 200
 201                 if ((commandName == "libshuff") && ((globaldata->gMatrix == NULL) || (globaldata->gGroupmap == NULL))) {
 202                          cout << "You must read in a matrix and groupfile using the read.dist command, before you use the libshuff command. " << endl; return false;
 203                 }
 204
 205                 if (commandName == "parsimony") {
 206                         //are you trying to use parsimony without reading a tree or saying you want random distribution
 207                         if (randomtree == "")  {
 208                                 if (globaldata->gTree.size() == 0) {
 209                                         cout << "You must read a treefile and a groupfile or set the randomtree parameter to the output filename you wish, before you may execute the parsimony command." << endl; return false;  }
 210                         }
 211                 }
 212
 213                 if ((commandName == "unifrac.weighted") || (commandName == "unifrac.unweighted") || (commandName == "concensus")) {
 214                         if (globaldata->gTree.size() == 0) {//no trees were read
 215                                 cout << "You must execute the read.tree command, before you may execute the unifrac.weighted, unifrac.unweighted or concensus command." << endl; return false;  }
 216                 }
 217
 218                 //check for valid method
 219                 if(commandName == "get.group") {
 220                         if ((globaldata->getGroupFile() == "")) { cout << "You must read a group before you can use the get.group command." << endl; return false; }
 221                 }
 222                 if (commandName == "get.label" || commandName == "get.line") {
 223                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the get.label or get.line command." << endl; return false; }
 224                 }
 225                 if (commandName == "cluster") {
 226                         if ((method == "furthest") || (method == "nearest") || (method == "average")) { }
 227                         else {cout << "Not a valid clustering method.  Valid clustering algorithms are furthest, nearest or average." << endl; return false; }
 228                 }
 229
 230                 if ((commandName == "collect.single") || (commandName == "rarefaction.single") || (commandName == "summary.single") ){
 231                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the collect.single, rarefaction.single or summary.single commands." << endl; return false; }
 232                 }
 233
 234                 if ((commandName == "collect.shared") || (commandName == "rarefaction.shared") || (commandName == "summary.shared") || (commandName == "tree.shared") || (commandName == "bootstrap.shared")){
 235                         if (globaldata->getSharedFile() == "") {
 236                                 if (globaldata->getListFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared, summary.shared, tree.shared or bootstrap.shared commands." << endl; return false; }
 237                                 else if (globaldata->getGroupFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared, summary.shared, tree.shared or bootstrap.shared commands." << endl; return false; }
 238                         }
 239                 }
 240
 241                 if ((commandName == "heatmap") || (commandName == "venn")) {
 242                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getSharedFile() == "")) {
 243                                  cout << "You must read a list, or a list and a group, or a shared before you can use the heatmap or venn commands." << endl; return false;
 244                         }
 245                 }
 246
 247                 if (commandName == "filter.seqs"){
 248                         if ((globaldata->getFastaFile() == "") && (globaldata->getNexusFile() == "") && (globaldata->getClustalFile() == "") && (globaldata->getPhylipFile() == "")) {
 249                                  cout << "You must read either a fasta, nexus, clustal, or phylip file before you can use the filter.seqs command." << endl; return false;
 250                         }
 251                 }
 252
 253                 if ((commandName == "bin.seqs")) {
 254                         if ((globaldata->getListFile() == "")) { cout << "You must read a list file before you can use the bin.seqs command." << endl; return false; }
 255                         validateBinFiles();
 256                 }
 257
 258                 if ((commandName == "get.oturep")) {
 259                         if ((globaldata->gSparseMatrix == NULL) || (globaldata->gListVector == NULL)) {
 260                                 cout << "Before you use the get.oturep command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 261                                 errorFree = false;
 262                         }
 263                         if (listfile == "") { cout << "list is a required parameter for the get.oturep command." << endl; errorFree = false; }
 264                         validateBinFiles();
 265                 }
 266
 267
 268                 return errorFree;
 269 }
 270
 271 /*******************************************************/
 272
 273 /******************************************************/
 274 //This function checks to make sure the user entered a file to
 275 // read and that the file exists and can be opened.
 276 void ErrorCheck::validateReadFiles() {
 277         try {
 278                 //Validating files for read
 279                 ifstream filehandle;
 280                 int ableToOpen;
 281
 282                 //are we reading a phylipfile
 283                 if (phylipfile != "") {
 284                         ableToOpen = openInputFile(phylipfile, filehandle);
 285                         filehandle.close();
 286                         //unable to open
 287                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 288                         else { globaldata->inputFileName = phylipfile; }
 289                 //are we reading a columnfile
 290                 }else if (columnfile != "") {
 291                         ableToOpen = openInputFile(columnfile, filehandle);
 292                         filehandle.close();
 293                         //unable to open
 294                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 295                         else { globaldata->inputFileName = columnfile; }
 296                 //are we reading a listfile
 297                 }else if (listfile!= "") {
 298                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 299                         filehandle.close();
 300                         //unable to open
 301                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 302                         else { globaldata->inputFileName = listfile; }
 303                 //are we reading a rabundfile
 304                 }else if (rabundfile != "") {
 305                         ableToOpen = openInputFile(rabundfile, filehandle);
 306                         filehandle.close();
 307                         //unable to open
 308                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 309                         else { globaldata->inputFileName = rabundfile; }
 310                 //are we reading a sabundfile
 311                 }else if (sabundfile != "") {
 312                         ableToOpen = openInputFile(sabundfile, filehandle);
 313                         filehandle.close();
 314                         //unable to open
 315                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 316                         else { globaldata->inputFileName = sabundfile; }
 317                 }else if (fastafile != "") {
 318                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 319                         filehandle.close();
 320                         //unable to open
 321                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 322                         else { globaldata->inputFileName = fastafile; }
 323                 }else if (sharedfile != "") {
 324                         ableToOpen = openInputFile(sharedfile, filehandle);
 325                         filehandle.close();
 326                         //unable to open
 327                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 328                         else { globaldata->inputFileName = sharedfile; }
 329                 }else{ //no file given
 330                         errorFree = false;
 331                 }
 332         }
 333         catch(exception& e) {
 334                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 335                 exit(1);
 336         }
 337         catch(...) {
 338                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 339                 exit(1);
 340         }
 341
 342 }
 343 /*******************************************************/
 344
 345 /******************************************************/
 346 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 347 // format parameters on a distfile read
 348 void ErrorCheck::validateReadDist() {
 349         try {
 350                 ifstream filehandle;
 351                 int ableToOpen;
 352
 353                 if (groupfile != "") {
 354                         ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 355                         filehandle.close();
 356                         //unable to open
 357                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 358                 }
 359
 360                 if ((phylipfile == "") && (columnfile == "")) { cout << "When executing a read.dist you must enter a phylip or a column." << endl; errorFree = false; }
 361                 else if ((phylipfile != "") && (columnfile != "")) { cout << "When executing a read.dist you must enter ONLY ONE of the following: phylip or column." << endl; errorFree = false; }
 362
 363                 if (columnfile != "") {
 364                         if (namefile == "") {
 365                                 cout << "You need to provide a namefile if you are going to use the column format." << endl;
 366                                 errorFree = false;
 367                         }else {
 368                                 ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 369                                 filehandle.close();
 370                                 //unable to open
 371                                 if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 372                         }
 373                 }
 374         }
 375         catch(exception& e) {
 376                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 377                 exit(1);
 378         }
 379         catch(...) {
 380                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 381                 exit(1);
 382         }
 383 }
 384 /*******************************************************/
 385
 386 /******************************************************/
 387 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 388 // format parameters on a parselistcommand
 389 void ErrorCheck::validateParseFiles() {
 390         try {
 391                 ifstream filehandle;
 392                 int ableToOpen;
 393
 394                 //checks for valid files
 395
 396                 if (listfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 397                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 398
 399                 //checks parameters on the read command
 400                 if (listfile != "") {
 401                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 402                         filehandle.close();
 403                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 404                                 errorFree = false;
 405                         }
 406                         if (groupfile != "") {
 407                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 408                                 filehandle.close();
 409                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 410                                         errorFree = false;;
 411                                 }
 412                         }
 413                 }
 414         }
 415         catch(exception& e) {
 416                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 417                 exit(1);
 418         }
 419         catch(...) {
 420                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 421                 exit(1);
 422         }
 423 }
 424 /*******************************************************/
 425
 426 /******************************************************/
 427 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 428 // format parameters on a parselistcommand
 429 void ErrorCheck::validateTreeFiles() {
 430         try {
 431                 ifstream filehandle;
 432                 int ableToOpen;
 433
 434                 //checks for valid files
 435
 436                 if (treefile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 437                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 438
 439                 //checks parameters on the read command
 440                 if (treefile != "") {
 441                         ableToOpen = openInputFile(treefile, filehandle);
 442                         filehandle.close();
 443                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 444                                 errorFree = false;
 445                         }
 446                         if (groupfile != "") {
 447                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 448                                 filehandle.close();
 449                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 450                                         errorFree = false;;
 451                                 }
 452                         }
 453                 }
 454         }
 455         catch(exception& e) {
 456                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 457                 exit(1);
 458         }
 459         catch(...) {
 460                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 461                 exit(1);
 462         }
 463 }
 464
 465 /*******************************************************/
 466
 467 /******************************************************/
 468 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 469 // format parameters on a distfile read
 470 void ErrorCheck::validateReadPhil() {
 471         try {
 472                 ifstream filehandle;
 473                 int ableToOpen;
 474
 475                 //checks to make sure only one file type is given
 476                 if (listfile != "") {
 477                         if ((rabundfile != "") || (sabundfile != "")) {
 478                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 479                 }else if (rabundfile != "") {
 480                         if ((listfile != "") || (sabundfile != "")) {
 481                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 482                 }else if (sabundfile != "") {
 483                         if ((listfile != "") || (rabundfile != "")) {
 484                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 485                 }else if ((listfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "") && (sharedfile == "")) {
 486                             cout << "When executing a read.otu you must enter one of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false;
 487                 }
 488
 489                 //checks parameters on the read command
 490                 if (orderfile != "") {
 491                         ableToOpen = openInputFile(orderfile, filehandle);
 492                         filehandle.close();
 493                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 494                                 errorFree = false;
 495                         }
 496                 }
 497         }
 498         catch(exception& e) {
 499                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 500                 exit(1);
 501         }
 502         catch(...) {
 503                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 504                 exit(1);
 505         }
 506 }
 507 /*******************************************************/
 508
 509 /******************************************************/
 510 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 511 // format parameters on a bin.seq command
 512 void ErrorCheck::validateBinFiles() {
 513         try {
 514                 ifstream filehandle;
 515                 int ableToOpen;
 516
 517                 if (fastafile == "") {
 518                                 cout << "fasta is a required parameter for bin.seqs and get.oturep commands." << endl; errorFree = false;
 519                 }else if (fastafile != "") {
 520                         //is it a valid filename'
 521                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 522                         filehandle.close();
 523                         //unable to open
 524                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 525                 }else if (listfile != "") {
 526                         //is it a valid filename'
 527                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 528                         filehandle.close();
 529                         //unable to open
 530                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 531                 }else if (globaldata->getNameFile() != "") {
 532                         //is it a valid filename'
 533                         ifstream filehandle;
 534                         int ableToOpen = openInputFile(globaldata->getNameFile(), filehandle);
 535                         filehandle.close();
 536                         //unable to open
 537                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 538                 }else if (namefile != "") {
 539                         //is it a valid filename'
 540                         ifstream filehandle;
 541                         int ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 542                         filehandle.close();
 543                         //unable to open
 544                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 545                 }
 546
 547
 548         }
 549         catch(exception& e) {
 550                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 551                 exit(1);
 552         }
 553         catch(...) {
 554                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 555                 exit(1);
 556         }
 557 }
 558
 559 /*******************************************************/
 560
 561 /******************************************************/
 562
 563 void ErrorCheck::clear() {
 564         //option definitions should go here...
 565         phylipfile              =       "";
 566         columnfile              =       "";
 567         listfile                =       "";
 568         rabundfile              =       "";
 569         sabundfile              =       "";
 570         namefile                =       "";
 571         groupfile               =       "";
 572         orderfile               =       "";
 573         sharedfile              =       "";
 574         fastafile       =   "";
 575         nexusfile       =   "";
 576         clustalfile     =   "";
 577         line                    =       "";
 578         label                   =       "";
 579         method                  =   "furthest";
 580 }
 581 /*******************************************************/
 582
 583 /******************************************************/
 584