errorchecking.cpp

   1 /*
   2  *  errorchecking.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/2/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "errorchecking.h"
  11
  12 /*******************************************************/
  13
  14 /******************************************************/
  15
  16 ErrorCheck::ErrorCheck() {
  17         globaldata = GlobalData::getInstance();
  18         validCommand = new ValidCommands();
  19         validParameter = new ValidParameters();
  20 }
  21 /*******************************************************/
  22
  23 /******************************************************/
  24
  25 void ErrorCheck::refresh() {
  26
  27         //columnfile = globaldata->getColumnFile();
  28         //phylipfile = globaldata->getPhylipFile();
  29         //listfile = globaldata->getListFile();
  30         //rabundfile = globaldata->getRabundFile();
  31         //sabundfile = globaldata->getSabundFile();
  32         //namefile = globaldata->getNameFile();
  33         //groupfile = globaldata->getGroupFile();
  34         //orderfile = globaldata->getOrderFile();
  35         //fastafile = globaldata->getFastaFile();
  36         //treefile = globaldata->getTreeFile();
  37         //cutoff = globaldata->getCutOff();
  38         //format = globaldata->getFormat();
  39         //method = globaldata->getMethod();
  40         //randomtree = globaldata->getRandomTree();
  41         //sharedfile = globaldata->getSharedFile();
  42
  43 }
  44
  45 /*******************************************************/
  46
  47 /******************************************************/
  48
  49 ErrorCheck::~ErrorCheck() {
  50         delete validCommand;
  51         delete validParameter;
  52 }
  53
  54 /*******************************************************/
  55
  56 /******************************************************/
  57
  58 bool ErrorCheck::checkInput(string input) {
  59                 errorFree = true;
  60                 clear();
  61
  62                 //refresh variable
  63                 refresh();
  64
  65                 //get command name and parameters
  66                 int openParen = input.find_first_of('(');
  67                 int closeParen = input.find_last_of(')');
  68
  69                 if(openParen != -1 && closeParen != -1){
  70                         commandName = input.substr(0, openParen);   //commandName contains everything before "("
  71                         optionText = input.substr(openParen+1, closeParen-openParen-1); //optionString contains everything between "(" and ")".
  72                 }else if (openParen == -1) { //there is no parenthesis
  73                         cout << input << " is not a valid command. You are missing the ()." << endl;
  74                         return false;
  75                 }
  76
  77                 //is it a valid command
  78                 if (validCommand->isValidCommand(commandName) != true) { return false; }
  79                 string parameter, value;
  80
  81                 //reads in parameters and values
  82                 if((optionText != "") && (commandName != "help")){
  83                         while((optionText.find_first_of(',') != -1) && (errorFree)) {  //while there are parameters
  84                                 splitAtComma(value, optionText);
  85                                 splitAtEquals(parameter, value);
  86
  87                                 //is it a valid parameter
  88                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
  89
  90                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
  91                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
  92                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
  93                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
  94                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
  95                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
  96                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
  97                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
  98                                 if (parameter == "nexus" )              { nexusfile = value; }
  99                                 if (parameter == "clustal" )    { clustalfile = value; }
 100                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
 101                                 if (parameter == "group" )                      { groupfile = value; }
 102                                 if (parameter == "shared" )                     { sharedfile = value; }
 103                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 104                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 105                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 106                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 107                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 108                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 109                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 110                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 111                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 112                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 113                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value; }
 114                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value; }
 115                                 if (parameter == "trump" )          { trump = value; }
 116                                 if (parameter == "soft" )                       { soft = value; }
 117                                 if (parameter == "filter" )         { filter = value; }
 118                                 if (parameter == "scale" )                      { scale = value;        }
 119                                 if (parameter == "countends" )          { countends = value; }
 120                                 if (parameter == "processors" )         { processors = value;   }
 121                                 if (parameter == "size" )                       { size = value; }
 122                                 if (parameter == "candidate")           { candidatefile = value;        }
 123                                 if (parameter == "search")                      { search = value;               }
 124                                 if (parameter == "ksize")                       { ksize = value;                }
 125                                 if (parameter == "align")                   { align = value;            }
 126                                 if (parameter == "match")                       { match = value;                }
 127                                 if (parameter == "mismatch")            { mismatch = value;         }
 128                                 if (parameter == "gapopen")                     { gapopen = value;              }
 129                                 if (parameter == "gapextend" )          { gapextend = value;    }
 130                         }
 131
 132                         //gets the last parameter and value
 133                         if (errorFree)  { //gets the last parameter and value
 134                                 value = optionText;
 135                                 splitAtEquals(parameter, value);
 136                                 //is it a valid parameter
 137                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
 138
 139
 140                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
 141                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
 142                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
 143                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
 144                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
 145                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
 146                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
 147                                 if (parameter == "group" )              { groupfile = value; }
 148                                 if (parameter == "shared" )             { sharedfile = value; }
 149                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
 150                                 if (parameter == "nexus" )              { nexusfile = value; }
 151                                 if (parameter == "clustal" )    { clustalfile = value; }
 152                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
 153                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 154                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 155                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 156                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 157                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 158                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 159                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 160                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 161                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 162                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value;   }
 163                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 164                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value;       }
 165                                 if (parameter == "trump" )          { trump = value; }
 166                                 if (parameter == "soft" )                       { soft = value; }
 167                                 if (parameter == "filter" )         { filter = value; }
 168                                 if (parameter == "scale" )                      { scale = value;        }
 169                                 if (parameter == "countends" )          { countends = value; }
 170                                 if (parameter == "processors" )         { processors = value;   }
 171                                 if (parameter == "size" )                       { size = value; }
 172                                 if (parameter == "candidate")           { candidatefile = value;        }
 173                                 if (parameter == "search")                      { search = value;               }
 174                                 if (parameter == "ksize")                       { ksize = value;                }
 175                                 if (parameter == "align")                   { align = value;            }
 176                                 if (parameter == "match")                       { match = value;                }
 177                                 if (parameter == "mismatch")            { mismatch = value;         }
 178                                 if (parameter == "gapopen")                     { gapopen = value;              }
 179                                 if (parameter == "gapextend" )          { gapextend = value;    }
 180
 181                         }
 182                 }
 183
 184                 //make sure the user does not use both the line and label parameters
 185                 if ((line != "") && (label != "")) { cout << "You may use either the line or label parameters, but not both." << endl; return false; }
 186
 187                 //check for valid files
 188                 if (commandName == "read.dist") {
 189                         validateReadFiles();
 190                         validateReadDist();
 191                 }else if (commandName == "read.otu") {
 192                         //you want to do shared commands
 193                         if ((listfile != "") && (groupfile != ""))      {
 194                                 validateParseFiles(); //checks the listfile and groupfile parameters
 195                         //you want to do single commands
 196                         }else if ((listfile != "") || (rabundfile != "") || (sabundfile != "")){
 197                                 validateReadFiles();
 198                                 validateReadPhil();
 199                         //you have not given a file
 200                         }else if ((listfile == "") && (sharedfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "")) {
 201                                 cout << "You must enter either a listfile, rabundfile, sabundfile or a sharedfile with the read.otu command. " << endl; return false;
 202                         //you want to do shared commands with a shared file
 203                         }else if (sharedfile != "") {//you are reading a shared file
 204                                 validateReadFiles();
 205                         }
 206                 }else if (commandName == "read.tree") {
 207                         validateTreeFiles(); //checks the treefile and groupfile parameters
 208                 }else if (commandName == "deconvolute") {
 209                         if (fastafile == "") { cout << "You must enter a fastafile with the deconvolute() command." << endl; return false; }
 210                         validateReadFiles();
 211                 }
 212
 213                 //are you trying to cluster before you have read something
 214                 if (((commandName == "cluster") && (globaldata->gSparseMatrix == NULL)) ||
 215                         ((commandName == "cluster") && (globaldata->gListVector == NULL))) {
 216                                 cout << "Before you use the cluster command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 217                                 errorFree = false;
 218                 }
 219
 220                 if ((commandName == "libshuff") && ((globaldata->gMatrix == NULL) || (globaldata->gGroupmap == NULL))) {
 221                          cout << "You must read in a matrix and groupfile using the read.dist command, before you use the libshuff command. " << endl; return false;
 222                 }
 223
 224                 if (commandName == "parsimony") {
 225                         //are you trying to use parsimony without reading a tree or saying you want random distribution
 226                         if (randomtree == "")  {
 227                                 if (globaldata->gTree.size() == 0) {
 228                                         cout << "You must read a treefile and a groupfile or set the randomtree parameter to the output filename you wish, before you may execute the parsimony command." << endl; return false;  }
 229                         }
 230                 }
 231
 232                 if ((commandName == "unifrac.weighted") || (commandName == "unifrac.unweighted") || (commandName == "concensus")) {
 233                         if (globaldata->gTree.size() == 0) {//no trees were read
 234                                 cout << "You must execute the read.tree command, before you may execute the unifrac.weighted, unifrac.unweighted or concensus command." << endl; return false;  }
 235                 }
 236
 237                 //check for valid method
 238                 if(commandName == "get.group") {
 239                         if ((globaldata->getSharedFile() == "")) { cout << "You must read a groupfile or a sharedfile before you can use the get.group command." << endl; return false; }
 240                 }
 241                 if (commandName == "get.label" || commandName == "get.line") {
 242                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the get.label or get.line command." << endl; return false; }
 243                 }
 244                 if (commandName == "cluster") {
 245                         if ((method == "furthest") || (method == "nearest") || (method == "average")) { }
 246                         else {cout << "Not a valid clustering method.  Valid clustering algorithms are furthest, nearest or average." << endl; return false; }
 247                 }
 248
 249                 if ((commandName == "collect.single") || (commandName == "rarefaction.single") || (commandName == "summary.single") ){
 250                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the collect.single, rarefaction.single or summary.single commands." << endl; return false; }
 251                 }
 252
 253                 if ((commandName == "collect.shared") || (commandName == "rarefaction.shared") || (commandName == "summary.shared") || (commandName == "bootstrap.shared") || (commandName == "dist.shared")){
 254                         if (globaldata->getSharedFile() == "") {
 255                                 if (globaldata->getListFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared, summary.shared, tree.shared, bootstrap.shared or dist.shared commands." << endl; return false; }
 256                                 else if (globaldata->getGroupFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared, summary.shared, tree.shared, bootstrap.shared or dist.shared commands." << endl; return false; }
 257                         }
 258                 }
 259
 260                 if  (commandName == "tree.shared")  {
 261                         //given no files
 262                         if ((globaldata->getSharedFile() == "") && ((phylipfile == "") && (columnfile == "")))  { cout << "You must run the read.otu command or provide a distance file before running the tree.shared command." << endl; return false; }
 263                         //you want to do single commands
 264                         else if ((globaldata->getSharedFile() == "") && ((phylipfile != "") || (columnfile != ""))) {
 265                                 validateReadDist();
 266                         }
 267                 }
 268
 269                 if ((commandName == "heatmap") || (commandName == "venn")) {
 270                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getSharedFile() == "")) {
 271                                  cout << "You must read a list, or a list and a group, or a shared before you can use the heatmap or venn commands." << endl; return false;
 272                         }
 273                 }
 274
 275                 if ((commandName == "filter.seqs") || (commandName == "dist.seqs")) {
 276                         if ((fastafile == "") && (nexusfile == "") && (clustalfile == "") && (phylipfile == "")) {
 277                                  cout << "You must enter either a fasta, nexus, clustal, or phylip file before you can use the filter.seqs or dist.seqs command." << endl; return false;
 278                         }
 279                         validateSeqsFiles();
 280                 }
 281
 282                 if (commandName == "align.seqs") {
 283                         if ((fastafile == "") || (candidatefile == "")) {
 284                                 cout << "You must enter fasta and a candidate file to use the align.seqs command." << endl; return false;
 285                         }
 286                         validateSeqsFiles();
 287                 }
 288
 289                 if ((commandName == "bin.seqs")) {
 290                         if ((globaldata->getListFile() == "")) { cout << "You must read a list file before you can use the bin.seqs commands." << endl; return false; }
 291                         validateBinFiles();
 292                 }
 293
 294
 295                 if ((commandName == "get.oturep")) {
 296                         if ((globaldata->gSparseMatrix == NULL) || (globaldata->gListVector == NULL)) {
 297                                 cout << "Before you use the get.oturep command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 298                                 errorFree = false;
 299                         }
 300                         if (listfile == "") { cout << "list is a required parameter for the get.oturep command." << endl; errorFree = false; }
 301                         validateBinFiles();
 302                 }
 303
 304
 305                 return errorFree;
 306 }
 307
 308 /*******************************************************/
 309
 310 /******************************************************/
 311 //This function checks to make sure the user entered a file to
 312 // read and that the file exists and can be opened.
 313 void ErrorCheck::validateReadFiles() {
 314         try {
 315                 //Validating files for read
 316                 ifstream filehandle;
 317                 int ableToOpen;
 318
 319                 //are we reading a phylipfile
 320                 if (phylipfile != "") {
 321                         ableToOpen = openInputFile(phylipfile, filehandle);
 322                         filehandle.close();
 323                         //unable to open
 324                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 325                         else { globaldata->inputFileName = phylipfile; }
 326                 //are we reading a columnfile
 327                 }else if (columnfile != "") {
 328                         ableToOpen = openInputFile(columnfile, filehandle);
 329                         filehandle.close();
 330                         //unable to open
 331                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 332                         else { globaldata->inputFileName = columnfile; }
 333                 //are we reading a listfile
 334                 }else if (listfile!= "") {
 335                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 336                         filehandle.close();
 337                         //unable to open
 338                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 339                         else { globaldata->inputFileName = listfile; }
 340                 //are we reading a rabundfile
 341                 }else if (rabundfile != "") {
 342                         ableToOpen = openInputFile(rabundfile, filehandle);
 343                         filehandle.close();
 344                         //unable to open
 345                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 346                         else { globaldata->inputFileName = rabundfile; }
 347                 //are we reading a sabundfile
 348                 }else if (sabundfile != "") {
 349                         ableToOpen = openInputFile(sabundfile, filehandle);
 350                         filehandle.close();
 351                         //unable to open
 352                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 353                         else { globaldata->inputFileName = sabundfile; }
 354                 }else if (fastafile != "") {
 355                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 356                         filehandle.close();
 357                         //unable to open
 358                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 359                         else { globaldata->inputFileName = fastafile; }
 360                 }else if (sharedfile != "") {
 361                         ableToOpen = openInputFile(sharedfile, filehandle);
 362                         filehandle.close();
 363                         //unable to open
 364                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 365                         else { globaldata->inputFileName = sharedfile; }
 366                 }else if (groupfile != "") {
 367                         ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 368                         filehandle.close();
 369                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 370                                 errorFree = false;
 371                         }
 372                 }else{ //no file given
 373                         errorFree = false;
 374                 }
 375         }
 376         catch(exception& e) {
 377                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 378                 exit(1);
 379         }
 380         catch(...) {
 381                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 382                 exit(1);
 383         }
 384
 385 }
 386 /*******************************************************/
 387
 388 /******************************************************/
 389 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 390 // format parameters on a distfile read
 391 void ErrorCheck::validateReadDist() {
 392         try {
 393                 ifstream filehandle;
 394                 int ableToOpen;
 395
 396                 if (groupfile != "") {
 397                         ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 398                         filehandle.close();
 399                         //unable to open
 400                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 401                 }
 402
 403                 if ((phylipfile == "") && (columnfile == "")) { cout << "When executing a read.dist or a tree.shared command with a distance file you must enter a phylip or a column." << endl; errorFree = false; }
 404                 else if ((phylipfile != "") && (columnfile != "")) { cout << "When executing a read.dist or a tree.shared command with a distance file you must enter ONLY ONE of the following: phylip or column." << endl; errorFree = false; }
 405
 406                 if (columnfile != "") {
 407                         if (namefile == "") {
 408                                 cout << "You need to provide a namefile if you are going to use the column format." << endl;
 409                                 errorFree = false;
 410                         }else {
 411                                 ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 412                                 filehandle.close();
 413                                 //unable to open
 414                                 if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 415                         }
 416                 }
 417         }
 418         catch(exception& e) {
 419                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 420                 exit(1);
 421         }
 422         catch(...) {
 423                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 424                 exit(1);
 425         }
 426 }
 427 /*******************************************************/
 428
 429 /******************************************************/
 430 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 431 // format parameters on a parselistcommand
 432 void ErrorCheck::validateParseFiles() {
 433         try {
 434                 ifstream filehandle;
 435                 int ableToOpen;
 436
 437                 //checks for valid files
 438
 439                 if (listfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 440                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 441
 442                 //checks parameters on the read command
 443                 if (listfile != "") {
 444                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 445                         filehandle.close();
 446                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 447                                 errorFree = false;
 448                         }
 449                         if (groupfile != "") {
 450                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 451                                 filehandle.close();
 452                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 453                                         errorFree = false;
 454                                 }
 455                         }
 456                 }
 457         }
 458         catch(exception& e) {
 459                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 460                 exit(1);
 461         }
 462         catch(...) {
 463                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 464                 exit(1);
 465         }
 466 }
 467 /*******************************************************/
 468
 469 /******************************************************/
 470 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 471 // format parameters on a parselistcommand
 472 void ErrorCheck::validateTreeFiles() {
 473         try {
 474                 ifstream filehandle;
 475                 int ableToOpen;
 476
 477                 //checks for valid files
 478
 479                 if (treefile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 480                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 481
 482                 //checks parameters on the read command
 483                 if (treefile != "") {
 484                         ableToOpen = openInputFile(treefile, filehandle);
 485                         filehandle.close();
 486                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 487                                 errorFree = false;
 488                         }
 489                         if (groupfile != "") {
 490                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 491                                 filehandle.close();
 492                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 493                                         errorFree = false;;
 494                                 }
 495                         }
 496                 }
 497         }
 498         catch(exception& e) {
 499                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 500                 exit(1);
 501         }
 502         catch(...) {
 503                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 504                 exit(1);
 505         }
 506 }
 507
 508 /*******************************************************/
 509
 510 /******************************************************/
 511 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 512 // format parameters on a distfile read
 513 void ErrorCheck::validateReadPhil() {
 514         try {
 515                 ifstream filehandle;
 516                 int ableToOpen;
 517
 518                 //checks to make sure only one file type is given
 519                 if (listfile != "") {
 520                         if ((rabundfile != "") || (sabundfile != "")) {
 521                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 522                 }else if (rabundfile != "") {
 523                         if ((listfile != "") || (sabundfile != "")) {
 524                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 525                 }else if (sabundfile != "") {
 526                         if ((listfile != "") || (rabundfile != "")) {
 527                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 528                 }else if ((listfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "") && (sharedfile == "")) {
 529                             cout << "When executing a read.otu you must enter one of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false;
 530                 }
 531
 532                 //checks parameters on the read command
 533                 if (orderfile != "") {
 534                         ableToOpen = openInputFile(orderfile, filehandle);
 535                         filehandle.close();
 536                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 537                                 errorFree = false;
 538                         }
 539                 }
 540         }
 541         catch(exception& e) {
 542                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 543                 exit(1);
 544         }
 545         catch(...) {
 546                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 547                 exit(1);
 548         }
 549 }
 550 /*******************************************************/
 551
 552 /******************************************************/
 553 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 554 // format parameters on a distfile read
 555 void ErrorCheck::validateSeqsFiles() {
 556         try {
 557                 ifstream filehandle;
 558                 int ableToOpen;
 559
 560                 //checks to make sure only one file type is given
 561                 if (phylipfile != "") {
 562                         if ((nexusfile != "") || (fastafile != "") || (clustalfile != "")) {
 563                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 564                         else {
 565                                 ableToOpen = openInputFile(phylipfile, filehandle);
 566                                 filehandle.close();
 567                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 568                                         errorFree = false;
 569                                 }
 570                         }
 571                 }else if (nexusfile != "") {
 572                         if ((phylipfile != "") || (fastafile != "") || (clustalfile != "")) {
 573                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 574                         else {
 575                                 ableToOpen = openInputFile(nexusfile, filehandle);
 576                                 filehandle.close();
 577                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 578                                         errorFree = false;
 579                                 }
 580                         }
 581                 }else if (fastafile != "") {
 582                         if ((phylipfile != "") || (nexusfile != "") || (clustalfile != "")) {
 583                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 584                         else {
 585                                 ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 586                                 filehandle.close();
 587                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 588                                         errorFree = false;
 589                                 }
 590                         }
 591                 }else if (clustalfile != "") {
 592                         if ((phylipfile != "") || (nexusfile != "") || (fastafile != "")) {
 593                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 594                         else {
 595                                 ableToOpen = openInputFile(clustalfile, filehandle);
 596                                 filehandle.close();
 597                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 598                                         errorFree = false;
 599                                 }
 600                         }
 601                 }else if (candidatefile != "") {
 602                         ableToOpen = openInputFile(candidatefile, filehandle);
 603                         filehandle.close();
 604                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 605                                 errorFree = false;
 606                         }
 607                 }
 608
 609
 610         }
 611         catch(exception& e) {
 612                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateSeqsFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 613                 exit(1);
 614         }
 615         catch(...) {
 616                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateSeqsFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 617                 exit(1);
 618         }
 619 }
 620
 621 /*******************************************************/
 622
 623 /******************************************************/
 624 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 625 // format parameters on a bin.seq command
 626 void ErrorCheck::validateBinFiles() {
 627         try {
 628                 ifstream filehandle;
 629                 int ableToOpen;
 630
 631                 if (fastafile == "") {
 632                                 cout << "fasta is a required parameter for bin.seqs, get.oturep and get.repseqs commands." << endl; errorFree = false;
 633                 }else if (fastafile != "") {
 634                         //is it a valid filename'
 635                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 636                         filehandle.close();
 637                         //unable to open
 638                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 639                 }else if (listfile != "") {
 640                         //is it a valid filename'
 641                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 642                         filehandle.close();
 643                         //unable to open
 644                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 645                 }else if (globaldata->getNameFile() != "") {
 646                         //is it a valid filename'
 647                         ifstream filehandle;
 648                         int ableToOpen = openInputFile(globaldata->getNameFile(), filehandle);
 649                         filehandle.close();
 650                         //unable to open
 651                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 652                 }else if (namefile != "") {
 653                         //is it a valid filename'
 654                         ifstream filehandle;
 655                         int ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 656                         filehandle.close();
 657                         //unable to open
 658                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 659                 }else if (groupfile != "") {
 660                         //is it a valid filename'
 661                         ifstream filehandle;
 662                         int ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 663                         filehandle.close();
 664                         //unable to open
 665                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 666                 }
 667
 668
 669
 670         }
 671         catch(exception& e) {
 672                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 673                 exit(1);
 674         }
 675         catch(...) {
 676                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 677                 exit(1);
 678         }
 679 }
 680
 681 /*******************************************************/
 682
 683 /******************************************************/
 684
 685 void ErrorCheck::clear() {
 686         //option definitions should go here...
 687         phylipfile              =       "";
 688         columnfile              =       "";
 689         listfile                =       "";
 690         rabundfile              =       "";
 691         sabundfile              =       "";
 692         namefile                =       "";
 693         groupfile               =       "";
 694         orderfile               =       "";
 695         sharedfile              =       "";
 696         fastafile       =   "";
 697         nexusfile       =   "";
 698         clustalfile     =   "";
 699         candidatefile   =       "";
 700         line                    =       "";
 701         label                   =       "";
 702         method                  =   "furthest";
 703 }
 704 /*******************************************************/
 705
 706 /******************************************************/
 707