errorchecking.cpp

   1 /*
   2  *  errorchecking.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/2/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "errorchecking.h"
  11
  12 /*******************************************************/
  13
  14 /******************************************************/
  15
  16 ErrorCheck::ErrorCheck() {
  17         globaldata = GlobalData::getInstance();
  18         validCommand = new ValidCommands();
  19         validParameter = new ValidParameters();
  20 }
  21 /*******************************************************/
  22
  23 /******************************************************/
  24
  25 void ErrorCheck::refresh() {
  26
  27         //columnfile = globaldata->getColumnFile();
  28         //phylipfile = globaldata->getPhylipFile();
  29         //listfile = globaldata->getListFile();
  30         //rabundfile = globaldata->getRabundFile();
  31         //sabundfile = globaldata->getSabundFile();
  32         //namefile = globaldata->getNameFile();
  33         //groupfile = globaldata->getGroupFile();
  34         //orderfile = globaldata->getOrderFile();
  35         //fastafile = globaldata->getFastaFile();
  36         //treefile = globaldata->getTreeFile();
  37         //cutoff = globaldata->getCutOff();
  38         //format = globaldata->getFormat();
  39         //method = globaldata->getMethod();
  40         //randomtree = globaldata->getRandomTree();
  41         //sharedfile = globaldata->getSharedFile();
  42
  43 }
  44
  45 /*******************************************************/
  46
  47 /******************************************************/
  48
  49 ErrorCheck::~ErrorCheck() {
  50         delete validCommand;
  51         delete validParameter;
  52 }
  53
  54 /*******************************************************/
  55
  56 /******************************************************/
  57
  58 bool ErrorCheck::checkInput(string input) {
  59                 errorFree = true;
  60                 clear();
  61
  62                 //refresh variable
  63                 refresh();
  64
  65                 //get command name and parameters
  66                 int openParen = input.find_first_of('(');
  67                 int closeParen = input.find_last_of(')');
  68
  69                 if(openParen != -1 && closeParen != -1){
  70                         commandName = input.substr(0, openParen);   //commandName contains everything before "("
  71                         optionText = input.substr(openParen+1, closeParen-openParen-1); //optionString contains everything between "(" and ")".
  72                 }else if (openParen == -1) { //there is no parenthesis
  73                         cout << input << " is not a valid command. You are missing the ()." << endl;
  74                         return false;
  75                 }
  76
  77                 //is it a valid command
  78                 if (validCommand->isValidCommand(commandName) != true) { return false; }
  79                 string parameter, value;
  80
  81                 //reads in parameters and values
  82                 if((optionText != "") && (commandName != "help")){
  83                         while((optionText.find_first_of(',') != -1) && (errorFree)) {  //while there are parameters
  84                                 splitAtComma(value, optionText);
  85                                 splitAtEquals(parameter, value);
  86
  87                                 //is it a valid parameter
  88                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
  89
  90                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
  91                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
  92                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
  93                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
  94                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
  95                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
  96                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
  97                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
  98                                 if (parameter == "nexus" )              { nexusfile = value; }
  99                                 if (parameter == "clustal" )    { clustalfile = value; }
 100                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
 101                                 if (parameter == "group" )                      { groupfile = value; }
 102                                 if (parameter == "shared" )                     { sharedfile = value; }
 103                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 104                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 105                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 106                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 107                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 108                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 109                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 110                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 111                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 112                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 113                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value; }
 114                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value; }
 115                                 if (parameter == "trump" )          { trump = value; }
 116                                 if (parameter == "soft" )                       { soft = value; }
 117                                 if (parameter == "filter" )         { filter = value; }
 118                                 if (parameter == "scale" )                      { scale = value;        }
 119                                 if (parameter == "countends" )          { countends = value; }
 120                                 if (parameter == "processors" )         { processors = value;   }
 121                                 if (parameter == "size" )                       { size = value; }
 122                                 if (parameter == "candidate")           { candidatefile = value;        }
 123                                 if (parameter == "search")                      { search = value;               }
 124                                 if (parameter == "ksize")                       { ksize = value;                }
 125                                 if (parameter == "align")                   { align = value;            }
 126                                 if (parameter == "match")                       { match = value;                }
 127                                 if (parameter == "mismatch")            { mismatch = value;         }
 128                                 if (parameter == "gapopen")                     { gapopen = value;              }
 129                                 if (parameter == "gapextend" )          { gapextend = value;    }
 130                         }
 131
 132                         //gets the last parameter and value
 133                         if (errorFree)  { //gets the last parameter and value
 134                                 value = optionText;
 135                                 splitAtEquals(parameter, value);
 136                                 //is it a valid parameter
 137                                 if (validParameter->isValidParameter(parameter, commandName, value) != true) { return false; }
 138
 139
 140                                 if (parameter == "phylip" )             { phylipfile = value; }
 141                                 if (parameter == "column" )             { columnfile = value; }
 142                                 if (parameter == "list" )               { listfile = value; }
 143                                 if (parameter == "rabund" )             { rabundfile = value; }
 144                                 if (parameter == "sabund" )             { sabundfile = value; }
 145                                 if (parameter == "name" )               { namefile = value; }
 146                                 if (parameter == "order" )              { orderfile = value; }
 147                                 if (parameter == "group" )              { groupfile = value; }
 148                                 if (parameter == "shared" )             { sharedfile = value; }
 149                                 if (parameter == "fasta" )              { fastafile = value; }
 150                                 if (parameter == "nexus" )              { nexusfile = value; }
 151                                 if (parameter == "clustal" )    { clustalfile = value; }
 152                                 if (parameter == "tree" )               { treefile = value; }
 153                                 if (parameter == "cutoff" )                     { cutoff = value; }
 154                                 if (parameter == "precision" )          { precision = value; }
 155                                 if (parameter == "iters" )                      { iters = value; }
 156                                 if (parameter == "jumble" )                     { jumble = value; }
 157                                 if (parameter == "freq" )                       { freq = value; }
 158                                 if (parameter == "method" )                     { method = value; }
 159                                 if (parameter == "fileroot" )           { fileroot = value; }
 160                                 if (parameter == "line" )                       { line = value; }
 161                                 if (parameter == "label" )                      { label = value; }
 162                                 if (parameter == "random" )                     { randomtree = value;   }
 163                                 if (parameter == "abund" )          { abund = value; }
 164                                 if (parameter == "sorted" )                     { sorted = value;       }
 165                                 if (parameter == "trump" )          { trump = value; }
 166                                 if (parameter == "soft" )                       { soft = value; }
 167                                 if (parameter == "filter" )         { filter = value; }
 168                                 if (parameter == "scale" )                      { scale = value;        }
 169                                 if (parameter == "countends" )          { countends = value; }
 170                                 if (parameter == "processors" )         { processors = value;   }
 171                                 if (parameter == "size" )                       { size = value; }
 172                                 if (parameter == "candidate")           { candidatefile = value;        }
 173                                 if (parameter == "search")                      { search = value;               }
 174                                 if (parameter == "ksize")                       { ksize = value;                }
 175                                 if (parameter == "align")                   { align = value;            }
 176                                 if (parameter == "match")                       { match = value;                }
 177                                 if (parameter == "mismatch")            { mismatch = value;         }
 178                                 if (parameter == "gapopen")                     { gapopen = value;              }
 179                                 if (parameter == "gapextend" )          { gapextend = value;    }
 180
 181                         }
 182                 }
 183
 184                 //make sure the user does not use both the line and label parameters
 185                 if ((line != "") && (label != "")) { cout << "You may use either the line or label parameters, but not both." << endl; return false; }
 186
 187                 //check for valid files
 188                 if (commandName == "read.dist") {
 189                         validateReadFiles();
 190                         validateReadDist();
 191                 }else if (commandName == "read.otu") {
 192                         //you want to do shared commands
 193                         if ((listfile != "") && (groupfile != ""))      {
 194                                 validateParseFiles(); //checks the listfile and groupfile parameters
 195                         //you want to do single commands
 196                         }else if ((listfile != "") || (rabundfile != "") || (sabundfile != "")){
 197                                 validateReadFiles();
 198                                 validateReadPhil();
 199                         //you have not given a file
 200                         }else if ((listfile == "") && (sharedfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "")) {
 201                                 cout << "You must enter either a listfile, rabundfile, sabundfile or a sharedfile with the read.otu command. " << endl; return false;
 202                         //you want to do shared commands with a shared file
 203                         }else if (sharedfile != "") {//you are reading a shared file
 204                                 validateReadFiles();
 205                         }
 206                 }else if (commandName == "read.tree") {
 207                         validateTreeFiles(); //checks the treefile and groupfile parameters
 208                 }else if (commandName == "deconvolute") {
 209                         if (fastafile == "") { cout << "You must enter a fastafile with the deconvolute() command." << endl; return false; }
 210                         validateReadFiles();
 211                 }
 212
 213                 //are you trying to cluster before you have read something
 214                 if (((commandName == "cluster") && (globaldata->gSparseMatrix == NULL)) ||
 215                         ((commandName == "cluster") && (globaldata->gListVector == NULL))) {
 216                                 cout << "Before you use the cluster command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 217                                 errorFree = false;
 218                 }
 219
 220                 if ((commandName == "libshuff") && ((globaldata->gMatrix == NULL) || (globaldata->gGroupmap == NULL))) {
 221                          cout << "You must read in a matrix and groupfile using the read.dist command, before you use the libshuff command. " << endl; return false;
 222                 }
 223
 224                 if (commandName == "parsimony") {
 225                         //are you trying to use parsimony without reading a tree or saying you want random distribution
 226                         if (randomtree == "")  {
 227                                 if (globaldata->gTree.size() == 0) {
 228                                         cout << "You must read a treefile and a groupfile or set the randomtree parameter to the output filename you wish, before you may execute the parsimony command." << endl; return false;  }
 229                         }
 230                 }
 231
 232                 if ((commandName == "unifrac.weighted") || (commandName == "unifrac.unweighted") || (commandName == "concensus")) {
 233                         if (globaldata->gTree.size() == 0) {//no trees were read
 234                                 cout << "You must execute the read.tree command, before you may execute the unifrac.weighted, unifrac.unweighted or concensus command." << endl; return false;  }
 235                 }
 236
 237                 //check for valid method
 238                 if(commandName == "get.group") {
 239                         if ((globaldata->getSharedFile() == "")) { cout << "You must read a groupfile or a sharedfile before you can use the get.group command." << endl; return false; }
 240                 }
 241                 if (commandName == "get.label" || commandName == "get.line") {
 242                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the get.label or get.line command." << endl; return false; }
 243                 }
 244                 if (commandName == "cluster") {
 245                         if ((method == "furthest") || (method == "nearest") || (method == "average")) { }
 246                         else {cout << "Not a valid clustering method.  Valid clustering algorithms are furthest, nearest or average." << endl; return false; }
 247                 }
 248
 249                 if ((commandName == "collect.single") || (commandName == "rarefaction.single") || (commandName == "summary.single") ){
 250                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getRabundFile() == "") && (globaldata->getSabundFile() == "")) { cout << "You must read a list, sabund or rabund before you can use the collect.single, rarefaction.single or summary.single commands." << endl; return false; }
 251                 }
 252
 253                 if ((commandName == "collect.shared") || (commandName == "rarefaction.shared") || (commandName == "summary.shared") || (commandName == "bootstrap.shared") || (commandName == "dist.shared")){
 254                         if (globaldata->getSharedFile() == "") {
 255                                 if (globaldata->getListFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared, summary.shared, tree.shared, bootstrap.shared or dist.shared commands." << endl; return false; }
 256                                 else if (globaldata->getGroupFile() == "") { cout << "You must read a list and a group, or a shared before you can use the collect.shared, rarefaction.shared, summary.shared, tree.shared, bootstrap.shared or dist.shared commands." << endl; return false; }
 257                         }
 258                 }
 259
 260                 if  (commandName == "tree.shared")  {
 261                         //given no files
 262                         if ((globaldata->getSharedFile() == "") && ((phylipfile == "") && (columnfile == "")))  { cout << "You must run the read.otu command or provide a distance file before running the tree.shared command." << endl; return false; }
 263                         //you want to do single commands
 264                         else if ((globaldata->getSharedFile() == "") && ((phylipfile != "") || (columnfile != ""))) {
 265                                 validateReadDist();
 266                         }
 267                 }
 268
 269                 if ((commandName == "heatmap") || (commandName == "venn")) {
 270                         if ((globaldata->getListFile() == "") && (globaldata->getSharedFile() == "")) {
 271                                  cout << "You must read a list, or a list and a group, or a shared before you can use the heatmap or venn commands." << endl; return false;
 272                         }
 273                 }
 274
 275                 if ((commandName == "filter.seqs") || (commandName == "dist.seqs")) {
 276                         if ((fastafile == "") && (nexusfile == "") && (clustalfile == "") && (phylipfile == "")) {
 277                                  cout << "You must enter either a fasta, nexus, clustal, or phylip file before you can use the filter.seqs or dist.seqs command." << endl; return false;
 278                         }
 279                         validateSeqsFiles();
 280                 }
 281
 282                 if (commandName == "align.seqs") {
 283                         if ((fastafile == "") || (candidatefile == "")) {
 284                                 cout << "You must enter fasta and a candidate file to use the align.seqs command." << endl; return false;
 285                         }
 286                         validateSeqsFiles();
 287                 }
 288
 289                 if ((commandName == "bin.seqs")) {
 290                         if ((globaldata->getListFile() == "")) { cout << "You must read a list file before you can use the bin.seqs commands." << endl; return false; }
 291                         validateBinFiles();
 292                 }
 293
 294
 295                 if ((commandName == "get.oturep")) {
 296                         if ((globaldata->gSparseMatrix == NULL) || (globaldata->gListVector == NULL)) {
 297                                 cout << "Before you use the get.oturep command, you first need to read in a distance matrix." << endl;
 298                                 errorFree = false;
 299                         }
 300                         if (listfile == "") { cout << "list is a required parameter for the get.oturep command." << endl; errorFree = false; }
 301                         if (fastafile == "") { cout << "fasta is a required parameter for the get.oturep command." << endl; errorFree = false; }
 302                         validateBinFiles();
 303                 }
 304
 305
 306                 return errorFree;
 307 }
 308
 309 /*******************************************************/
 310
 311 /******************************************************/
 312 //This function checks to make sure the user entered a file to
 313 // read and that the file exists and can be opened.
 314 void ErrorCheck::validateReadFiles() {
 315         try {
 316                 //Validating files for read
 317                 ifstream filehandle;
 318                 int ableToOpen;
 319
 320                 //are we reading a phylipfile
 321                 if (phylipfile != "") {
 322                         ableToOpen = openInputFile(phylipfile, filehandle);
 323                         filehandle.close();
 324                         //unable to open
 325                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 326                         else { globaldata->inputFileName = phylipfile; }
 327                 //are we reading a columnfile
 328                 }else if (columnfile != "") {
 329                         ableToOpen = openInputFile(columnfile, filehandle);
 330                         filehandle.close();
 331                         //unable to open
 332                         if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 333                         else { globaldata->inputFileName = columnfile; }
 334                 //are we reading a listfile
 335                 }else if (listfile!= "") {
 336                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 337                         filehandle.close();
 338                         //unable to open
 339                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 340                         else { globaldata->inputFileName = listfile; }
 341                 //are we reading a rabundfile
 342                 }else if (rabundfile != "") {
 343                         ableToOpen = openInputFile(rabundfile, filehandle);
 344                         filehandle.close();
 345                         //unable to open
 346                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 347                         else { globaldata->inputFileName = rabundfile; }
 348                 //are we reading a sabundfile
 349                 }else if (sabundfile != "") {
 350                         ableToOpen = openInputFile(sabundfile, filehandle);
 351                         filehandle.close();
 352                         //unable to open
 353                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 354                         else { globaldata->inputFileName = sabundfile; }
 355                 }else if (fastafile != "") {
 356                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 357                         filehandle.close();
 358                         //unable to open
 359                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 360                         else { globaldata->inputFileName = fastafile; }
 361                 }else if (sharedfile != "") {
 362                         ableToOpen = openInputFile(sharedfile, filehandle);
 363                         filehandle.close();
 364                         //unable to open
 365                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 366                         else { globaldata->inputFileName = sharedfile; }
 367                 }else if (groupfile != "") {
 368                         ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 369                         filehandle.close();
 370                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 371                                 errorFree = false;
 372                         }
 373                 }else{ //no file given
 374                         errorFree = false;
 375                 }
 376         }
 377         catch(exception& e) {
 378                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 379                 exit(1);
 380         }
 381         catch(...) {
 382                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 383                 exit(1);
 384         }
 385
 386 }
 387 /*******************************************************/
 388
 389 /******************************************************/
 390 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 391 // format parameters on a distfile read
 392 void ErrorCheck::validateReadDist() {
 393         try {
 394                 ifstream filehandle;
 395                 int ableToOpen;
 396
 397                 if (groupfile != "") {
 398                         ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 399                         filehandle.close();
 400                         //unable to open
 401                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 402                 }
 403
 404                 if ((phylipfile == "") && (columnfile == "")) { cout << "When executing a read.dist or a tree.shared command with a distance file you must enter a phylip or a column." << endl; errorFree = false; }
 405                 else if ((phylipfile != "") && (columnfile != "")) { cout << "When executing a read.dist or a tree.shared command with a distance file you must enter ONLY ONE of the following: phylip or column." << endl; errorFree = false; }
 406
 407                 if (columnfile != "") {
 408                         if (namefile == "") {
 409                                 cout << "You need to provide a namefile if you are going to use the column format." << endl;
 410                                 errorFree = false;
 411                         }else {
 412                                 ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 413                                 filehandle.close();
 414                                 //unable to open
 415                                 if (ableToOpen == 1) { errorFree = false; }
 416                         }
 417                 }
 418         }
 419         catch(exception& e) {
 420                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 421                 exit(1);
 422         }
 423         catch(...) {
 424                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadDist. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 425                 exit(1);
 426         }
 427 }
 428 /*******************************************************/
 429
 430 /******************************************************/
 431 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 432 // format parameters on a parselistcommand
 433 void ErrorCheck::validateParseFiles() {
 434         try {
 435                 ifstream filehandle;
 436                 int ableToOpen;
 437
 438                 //checks for valid files
 439
 440                 if (listfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 441                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.otu for groups you must enter a list and a group." << endl; errorFree = false; }
 442
 443                 //checks parameters on the read command
 444                 if (listfile != "") {
 445                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 446                         filehandle.close();
 447                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 448                                 errorFree = false;
 449                         }
 450                         if (groupfile != "") {
 451                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 452                                 filehandle.close();
 453                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 454                                         errorFree = false;
 455                                 }
 456                         }
 457                 }
 458         }
 459         catch(exception& e) {
 460                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 461                 exit(1);
 462         }
 463         catch(...) {
 464                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 465                 exit(1);
 466         }
 467 }
 468 /*******************************************************/
 469
 470 /******************************************************/
 471 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 472 // format parameters on a parselistcommand
 473 void ErrorCheck::validateTreeFiles() {
 474         try {
 475                 ifstream filehandle;
 476                 int ableToOpen;
 477
 478                 //checks for valid files
 479
 480                 if (treefile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 481                 else if (groupfile == "") { cout << "When executing a read.tree you must enter a treefile and a groupfile." << endl; errorFree = false; }
 482
 483                 //checks parameters on the read command
 484                 if (treefile != "") {
 485                         ableToOpen = openInputFile(treefile, filehandle);
 486                         filehandle.close();
 487                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 488                                 errorFree = false;
 489                         }
 490                         if (groupfile != "") {
 491                                 ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 492                                 filehandle.close();
 493                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 494                                         errorFree = false;;
 495                                 }
 496                         }
 497                 }
 498         }
 499         catch(exception& e) {
 500                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 501                 exit(1);
 502         }
 503         catch(...) {
 504                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateTreeFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 505                 exit(1);
 506         }
 507 }
 508
 509 /*******************************************************/
 510
 511 /******************************************************/
 512 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 513 // format parameters on a distfile read
 514 void ErrorCheck::validateReadPhil() {
 515         try {
 516                 ifstream filehandle;
 517                 int ableToOpen;
 518
 519                 //checks to make sure only one file type is given
 520                 if (listfile != "") {
 521                         if ((rabundfile != "") || (sabundfile != "")) {
 522                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 523                 }else if (rabundfile != "") {
 524                         if ((listfile != "") || (sabundfile != "")) {
 525                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 526                 }else if (sabundfile != "") {
 527                         if ((listfile != "") || (rabundfile != "")) {
 528                                 cout << "When executing a read.otu you must enter ONLY ONE of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false; }
 529                 }else if ((listfile == "") && (rabundfile == "") && (sabundfile == "") && (sharedfile == "")) {
 530                             cout << "When executing a read.otu you must enter one of the following: list, rabund or sabund." << endl; errorFree = false;
 531                 }
 532
 533                 //checks parameters on the read command
 534                 if (orderfile != "") {
 535                         ableToOpen = openInputFile(orderfile, filehandle);
 536                         filehandle.close();
 537                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 538                                 errorFree = false;
 539                         }
 540                 }
 541         }
 542         catch(exception& e) {
 543                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 544                 exit(1);
 545         }
 546         catch(...) {
 547                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateReadPhil. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 548                 exit(1);
 549         }
 550 }
 551 /*******************************************************/
 552
 553 /******************************************************/
 554 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 555 // format parameters on a distfile read
 556 void ErrorCheck::validateSeqsFiles() {
 557         try {
 558                 ifstream filehandle;
 559                 int ableToOpen;
 560
 561                 //checks to make sure only one file type is given
 562                 if (phylipfile != "") {
 563                         if ((nexusfile != "") || (fastafile != "") || (clustalfile != "")) {
 564                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 565                         else {
 566                                 ableToOpen = openInputFile(phylipfile, filehandle);
 567                                 filehandle.close();
 568                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 569                                         errorFree = false;
 570                                 }
 571                         }
 572                 }else if (nexusfile != "") {
 573                         if ((phylipfile != "") || (fastafile != "") || (clustalfile != "")) {
 574                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 575                         else {
 576                                 ableToOpen = openInputFile(nexusfile, filehandle);
 577                                 filehandle.close();
 578                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 579                                         errorFree = false;
 580                                 }
 581                         }
 582                 }else if (fastafile != "") {
 583                         if ((phylipfile != "") || (nexusfile != "") || (clustalfile != "")) {
 584                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 585                         else {
 586                                 ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 587                                 filehandle.close();
 588                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 589                                         errorFree = false;
 590                                 }
 591                         }
 592                 }else if (clustalfile != "") {
 593                         if ((phylipfile != "") || (nexusfile != "") || (fastafile != "")) {
 594                                 cout << "You may enter ONLY ONE of the following: phylip, fasta, nexus or clustal." << endl; errorFree = false; }
 595                         else {
 596                                 ableToOpen = openInputFile(clustalfile, filehandle);
 597                                 filehandle.close();
 598                                 if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 599                                         errorFree = false;
 600                                 }
 601                         }
 602                 }else if (candidatefile != "") {
 603                         ableToOpen = openInputFile(candidatefile, filehandle);
 604                         filehandle.close();
 605                         if (ableToOpen == 1) { //unable to open
 606                                 errorFree = false;
 607                         }
 608                 }
 609
 610
 611         }
 612         catch(exception& e) {
 613                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateSeqsFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 614                 exit(1);
 615         }
 616         catch(...) {
 617                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateSeqsFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 618                 exit(1);
 619         }
 620 }
 621
 622 /*******************************************************/
 623
 624 /******************************************************/
 625 //This function checks to make sure the user entered appropriate
 626 // format parameters on a bin.seq command
 627 void ErrorCheck::validateBinFiles() {
 628         try {
 629                 ifstream filehandle;
 630                 int ableToOpen;
 631
 632                 if (fastafile == "") {
 633                                 cout << "fasta is a required parameter for bin.seqs, get.oturep and get.repseqs commands." << endl; errorFree = false;
 634                 }else if (fastafile != "") {
 635                         //is it a valid filename'
 636                         ableToOpen = openInputFile(fastafile, filehandle);
 637                         filehandle.close();
 638                         //unable to open
 639                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 640                 }else if (listfile != "") {
 641                         //is it a valid filename'
 642                         ableToOpen = openInputFile(listfile, filehandle);
 643                         filehandle.close();
 644                         //unable to open
 645                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 646                 }else if (globaldata->getNameFile() != "") {
 647                         //is it a valid filename'
 648                         ifstream filehandle;
 649                         int ableToOpen = openInputFile(globaldata->getNameFile(), filehandle);
 650                         filehandle.close();
 651                         //unable to open
 652                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 653                 }else if (namefile != "") {
 654                         //is it a valid filename'
 655                         ifstream filehandle;
 656                         int ableToOpen = openInputFile(namefile, filehandle);
 657                         filehandle.close();
 658                         //unable to open
 659                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 660                 }else if (groupfile != "") {
 661                         //is it a valid filename'
 662                         ifstream filehandle;
 663                         int ableToOpen = openInputFile(groupfile, filehandle);
 664                         filehandle.close();
 665                         //unable to open
 666                         if (ableToOpen == 1) {  errorFree = false; }
 667                 }
 668
 669
 670
 671         }
 672         catch(exception& e) {
 673                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ErrorCheck class Function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 674                 exit(1);
 675         }
 676         catch(...) {
 677                 cout << "An unknown error has occurred in the ErrorCheck class function validateBinFiles. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 678                 exit(1);
 679         }
 680 }
 681
 682 /*******************************************************/
 683
 684 /******************************************************/
 685
 686 void ErrorCheck::clear() {
 687         //option definitions should go here...
 688         phylipfile              =       "";
 689         columnfile              =       "";
 690         listfile                =       "";
 691         rabundfile              =       "";
 692         sabundfile              =       "";
 693         namefile                =       "";
 694         groupfile               =       "";
 695         orderfile               =       "";
 696         sharedfile              =       "";
 697         fastafile       =   "";
 698         nexusfile       =   "";
 699         clustalfile     =   "";
 700         candidatefile   =       "";
 701         line                    =       "";
 702         label                   =       "";
 703         method                  =   "furthest";
 704 }
 705 /*******************************************************/
 706
 707 /******************************************************/
 708