datavector.hpp

   1 #ifndef datavector_h
   2 #define datavector_h
   3
   4
   5 #include "mothur.h"
   6
   7 /* This class is parent to listvector, ordervector, rabundvector, sabundvector, sharedordervector, sharedrabundvector, sharedsabundvector.
   8         The child classes all contain OTU information in different forms. */
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  10
  11 class RAbundVector;
  12 class SAbundVector;
  13 class OrderVector;
  14 class SharedListVector;
  15 class SharedOrderVector;
  16 class SharedSAbundVector;
  17 class SharedRAbundVector;
  18
  19 class DataVector {
  20
  21 public:
  22         DataVector(){};// : maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0){};
  23         DataVector(string l) : label(l) {};
  24         DataVector(const DataVector& dv) : label(dv.label){};//, maxRank(dv.maxRank), numBins(dv.numBins), numSeqs(dv.numSeqs) {};
  25         DataVector(ifstream&);
  26         virtual ~DataVector(){};
  27
  28 //      virtual int getNumBins()        {       return numBins;         }
  29 //      virtual int getNumSeqs()        {       return numSeqs;         }
  30 //      virtual int getMaxRank()        {       return maxRank;         }
  31
  32         virtual void resize(int) = 0;
  33         virtual int size()      = 0;
  34         virtual void print(ostream&) = 0;
  35
  36         void setLabel(string l)         {       label = l;                      }
  37         string getLabel()                       {       return label;           }
  38
  39         virtual RAbundVector getRAbundVector() = 0;
  40         virtual SAbundVector getSAbundVector() = 0;
  41         virtual OrderVector getOrderVector(map<string,int>* hold = NULL) = 0;
  42
  43 protected:
  44         string label;
  45 //      int maxRank;
  46 //      int numBins;
  47 //      int numSeqs;
  48 };
  49
  50 /***********************************************************************/
  51
  52 #endif