datavector.hpp

   1 #ifndef datavector_h
   2 #define datavector_h
   3
   4 using namespace std;
   5
   6 #include <iostream>
   7 #include <string>
   8 #include <vector>
   9 #include <map>
  10
  11 /* This class is parent to listvector, ordervector, rabundvector, sabundvector, sharedordervector, sharedrabundvector, sharedsabundvector.
  12         The child classes all contain OTU information in different forms. */
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  14
  15 class RAbundVector;
  16 class SAbundVector;
  17 class OrderVector;
  18 class SharedListVector;
  19 class SharedOrderVector;
  20 class SharedSAbundVector;
  21 class SharedRAbundVector;
  22
  23 class DataVector {
  24
  25 public:
  26         DataVector(){};// : maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0){};
  27         DataVector(string l) : label(l) {};
  28         DataVector(const DataVector& dv) : label(dv.label){};//, maxRank(dv.maxRank), numBins(dv.numBins), numSeqs(dv.numSeqs) {};
  29         DataVector(ifstream&);
  30         ~DataVector(){};
  31
  32 //      virtual int getNumBins()        {       return numBins;         }
  33 //      virtual int getNumSeqs()        {       return numSeqs;         }
  34 //      virtual int getMaxRank()        {       return maxRank;         }
  35
  36         virtual void resize(int) = 0;
  37         virtual int size()      = 0;
  38         virtual void print(ostream&) = 0;
  39
  40         void setLabel(string l)         {       label = l;                      }
  41         string getLabel()                       {       return label;           }
  42
  43         //virtual RAbundVector getRAbundVector() = 0;
  44         virtual SAbundVector getSAbundVector() = 0;
  45         virtual OrderVector getOrderVector(map<string,int>* hold = NULL) = 0;
  46
  47 protected:
  48         string label;
  49 //      int maxRank;
  50 //      int numBins;
  51 //      int numSeqs;
  52 };
  53
  54 /***********************************************************************/
  55
  56 #endif