counttable.h

   1 #ifndef Mothur_counttable_h
   2 #define Mothur_counttable_h
   3
   4
   5 //
   6 //  counttable.h
   7 //  Mothur
   8 //
   9 //  Created by Sarah Westcott on 6/26/12.
  10 //  Copyright (c) 2012 Schloss Lab. All rights reserved.
  11 //
  12
  13 //This class is designed to read a count table file and store its data.
  14 //count table files look like:
  15
  16 /*
  17  Representative_Sequence        total   F003D000        F003D002        F003D004        F003D006        F003D008        F003D142        F003D144        F003D146        F003D148        F003D150        MOCK.GQY1XT001
  18  GQY1XT001C296C 6051    409     985     923     937     342     707     458     439     387     464     0
  19  GQY1XT001A3TJI 4801    396     170     413     442     306     769     581     576     497     651     0
  20  GQY1XT001CS2B8 3018    263     226     328     460     361     336     248     290     187     319     0
  21  GQY1XT001CD9IB 2736    239     177     256     405     306     286     263     248     164     392     0
  22
  23  or if no group info was used to create it
  24
  25  Representative_Sequence        total
  26  GQY1XT001C296C 6051
  27  GQY1XT001A3TJI 4801
  28  GQY1XT001CS2B8 3018
  29  GQY1XT001CD9IB 2736
  30  GQY1XT001ARCB1 2183
  31  GQY1XT001CNF2P 2796
  32  GQY1XT001CJMDA 1667
  33  GQY1XT001CBVJB 3758
  34
  35
  36  */
  37
  38
  39 #include "mothurout.h"
  40
  41 class CountTable {
  42
  43     public:
  44
  45         CountTable() { m = MothurOut::getInstance(); hasGroups = false; total = 0; }
  46         ~CountTable() {}
  47
  48         int readTable(string);
  49
  50         bool hasGroupInfo() { return hasGroups; }
  51         int getNumGroups() { return groups.size(); }
  52         vector<string> getNamesOfGroups() {  return groups;   }  //returns group names, if no group info vector is blank.
  53
  54         vector<int> getGroupCounts(string);  //returns group counts for a seq passed in, if no group info is in file vector is blank. Order is the same as the groups returned by getGroups function.
  55         int getGroupCount(string, string); //returns number of seqs for that group for that seq
  56         int getGroupCount(string); // returns total seqs for that group
  57         int getNumSeqs(string); //returns total seqs for that seq
  58         int getNumSeqs() { return total; } //return total number of seqs
  59         int getNumUniqueSeqs() { return uniques; } //return number of unique/representative seqs
  60         int getGroupIndex(string); //returns index in getGroupCounts vector of specific group
  61         vector<string> getNamesOfSeqs();
  62
  63     private:
  64         string filename;
  65         MothurOut* m;
  66         bool hasGroups;
  67         int total, uniques;
  68         vector<string> groups;
  69         vector< vector<int> > counts;
  70         vector<int> totals;
  71         vector<int> totalGroups;
  72         map<string, int> indexNameMap;
  73         map<string, int> indexGroupMap;
  74
  75 };
  76
  77 #endif