corraxescommand.h

   1 #ifndef CORRAXESCOMMAND_H
   2 #define CORRAXESCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  corraxescommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 12/22/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "command.hpp"
  14 #include "sharedrabundvector.h"
  15 #include "sharedrabundfloatvector.h"
  16 #include "inputdata.h"
  17
  18 /***************************************************************/
  19 struct spearmanRank {
  20         string name;
  21         float score;
  22
  23         spearmanRank(string n, float s) : name(n), score(s) {}
  24 };
  25 /***************************************************************/
  26
  27 class CorrAxesCommand : public Command {
  28 public:
  29         CorrAxesCommand(string);
  30         CorrAxesCommand();
  31         ~CorrAxesCommand();
  32         vector<string> getRequiredParameters();
  33         vector<string> getValidParameters();
  34         vector<string> getRequiredFiles();
  35         map<string, vector<string> > getOutputFiles() { return outputTypes; }
  36         int execute();
  37         void help();
  38
  39 private:
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  42         GlobalData* globaldata;
  43         string axesfile, sharedfile, relabundfile, metadatafile, groups, label, inputFileName, outputDir, method;
  44         bool abort, pickedGroups;
  45         int numaxes;
  46         set<string> names;
  47
  48         vector<string> outputNames, Groups;
  49         map<string, vector<string> > outputTypes;
  50         vector<SharedRAbundVector*> lookup;
  51         vector<SharedRAbundFloatVector*> lookupFloat;
  52         vector<string> metadataLabels;
  53
  54         int getShared();
  55         int getSharedFloat();
  56         int getMetadata();
  57         int convertToRelabund();
  58         int eliminateZeroOTUS(vector<SharedRAbundFloatVector*>&);
  59         map<string, vector<float> > readAxes();
  60         int calcPearson(map<string, vector<float> >&, ofstream&);
  61         int calcSpearman(map<string, vector<float> >&, ofstream&);
  62         int calcKendall(map<string, vector<float> >&, ofstream&);
  63
  64 };
  65
  66
  67 #endif
  68
  69